R语言 rphast包 simulate.msa()函数中文帮助文档(中英文对照)

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simulate.msa(rphast)
simulate.msa()所属R语言包：rphast

                                        Simulate a MSA given a tree model and HMM.
                                         模拟MSA树模型和HMM。

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Simulate a MSA given a tree model and HMM.
模拟MSA树模型和HMM。


用法----------Usage----------


    pointer.only=FALSE, ...)



参数----------Arguments----------

参数：object
An object of type tm (or a list of these objects) describing the phylogenetic model from which to simulate.  If it is a list of tree models then an HMM should be provided to describe transition rates between models.  Currently only models of order zero are supported.
类型的对象，tm（或这些对象的列表）描述的系统发育模型来模拟。如果它是一列树模型，然后提供一个HMM模型描述之间的过渡率。目前，只有零阶模式的支持。


参数：nsim
The number of columns in the simulated alignment.
在模拟对准的列数。


参数：seed
A random number seed.  Either NULL (the default; do not re-seed random  number generator), or an integer to be sent to set.seed.
一个随机数种子。无论是NULL（默认情况下，不重新播种随机数发生器），或发送到set.seed整数。


参数：hmm
an object of type HMM describing transitions between the tree models across the columns of the alignment.
跨的对准的列描述的树模型之间的过渡的类型HMM的一个目的。


参数：get.features
(For use with hmm).  If TRUE, return object will be a list of length two.  The first element will be the alignment, and the second will be an object of type feat describing the path through the phylo-hmm in the simulated alignment.
（使用HMM）。如果TRUE，返回的对象将是一个列表的长度为2。第一个元素会对齐，第二个将是一个类型的对象feat描述的路径，通过将phylo-HMM模型在模拟走线。


参数：pointer.only
(Advanced use only). If TRUE, return only a pointer to the simulated alignment.  Possibly useful for very (very) large alignments.
（高级）。如果是TRUE，只返回一个指针的模拟校准。很（非常）大的路线可能是有用的。


参数：...
Currently not used (for S3 compatibility)
当前未使用（S3兼容性）


Details

详细信息----------Details----------

Simulates a multiple sequence alignment of specified length.  Deals with base-substitution only, not indels.  If one tree model is given, simply simulates a sequence from this model.  If an HMM is provided, then the mod parameter should be a list of tree models with the same
模拟指定长度的多序列比对。处理碱基替代，而不是只INDELS。如果一个树模型，简单地从这个模型模拟了一个序列。如果一个HMM，然后mod参数应该是一个树模型具有相同的列表


值----------Value----------

An object of type MSA containing the simulated alignment.
MSA类型的对象包含模拟装调。


（作者）----------Author(s)----------


Melissa J. Hubisz and Adam Siepel



实例----------Examples----------


filename <- "rev.mod"
exampleArchive <- system.file("extdata", "examples.zip", package="rphast")
unzip(exampleArchive, filename)
m <- matrix(nrow=3, ncol=3)
m[1,] <- c(1,2,3)
m[2,] <- c(1,5,10)
m[3,] <- c(10,4,2)
eq.freq <- c(1,2,3)
h <- hmm(m, eq.freq)
mod <- read.tm(filename)
mod2 <- mod
mod2$backgd <- rep(0.25, 4)
mod3 <- mod
mod3$backgd <- c(0.6, 0.1, 0.2, 0.1)
m <- simulate.msa(mod, 20)
m <- simulate.msa(list(mod, mod2, mod3), 20, hmm=h)
m <- matrix(1, nrow=3, ncol=3)
h <- hmm(m)
l <- simulate.msa(list(mod, mod2, mod3), 100, get.features=TRUE, hmm=h)
names(l)
l$msa
l$feats
coverage.feat(l$feats[l$feats$feature=="state1",])
unlink(filename)

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