read.feat(rphast)
read.feat()所属R语言包：rphast
Read a Feature File (GFF, BED, or GenePred)
阅读功能文件（GFF，床上或GenePred的）
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Read a features object from a file
从文件阅读功能对象
用法----------Usage----------
参数----------Arguments----------
参数：filename
the name of the file (can be GFF, BED, or GenePred: rphast will auto-detect)
该文件的名称（可以是GFF，床上或GenePred的rphast将自动检测）
参数：pointer.only
Whether to store object by reference instead of a data.frame
是否保存对象引用，而不是一个数据框
Details
详细信息----------Details----------
The function will guess the format of the input file automatically.
该功能将自动猜测的输入文件格式。
值----------Value----------
If pointer.only==FALSE, a data.frame with columns corresponding to the GFF specification. Otherwise, an object which is a pointer to
如果pointer.only==FALSE，列的GFF规格对应一个数据框。否则，一个对象，它是一个指向
（作者）----------Author(s)----------
Melissa J. Hubisz and Adam Siepel
参见----------See Also----------
feat for more description of features objects.
feat功能对象的详细描述。
msa for more explanation of the pointer.only option.
msa更多的解释的pointer.only选择。
http://www.sanger.ac.uk/resources/software/gff/spec.html for a detailed description of GFF file format. The columns in features objects mirror the GFF column definitions.
http://www.sanger.ac.uk/resources/software/gff/spec.html GFF文件格式的详细描述。功能对象中的列反映了GFF列定义。
http://genome.ucsc.edu/FAQ/FAQformat for descriptions
http://genome.ucsc.edu/FAQ/FAQformat的描述
实例----------Examples----------
exampleArchive <- system.file("extdata", "examples.zip", package="rphast")
featFile <- "gencode.ENr334.gff"
unzip(exampleArchive, featFile)
f <- read.feat(featFile)
dim(f)
f[1:10,]
unlink(featFile)
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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。
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发表于 2012-9-28 00:04:04
