R语言 rphast包 plot.msa()函数中文帮助文档(中英文对照)

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plot.msa(rphast)
plot.msa()所属R语言包：rphast

                                        Plot an alignment...
                                         绘制的对齐方式...

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Plot an alignment
绘制一个对齐


用法----------Usage----------


    pretty=FALSE, min.char.size=0.05, ...)



参数----------Arguments----------

参数：x
An object of type msa
的对象类型msa，


参数：refseq
A character string naming the reference sequence to use (NULL implies frame of reference of entire alignment).
一个字符串，命名参考序列中使用（NULL意味着整个调整的参考框架）。


参数：add
If TRUE, add to the current plot
如果TRUE，添加在当前图


参数：xlim
(Only used when add==FALSE.  A vector of length 2 giving the coordinate range to plot in terms of refseq coordinates.  If NULL use entire range of alignment.
（仅用于add==FALSE。一个向量长度为2的RefSeq的坐标绘制的坐标范围。如果NULL使用整个范围内的对齐方式。


参数：ylim
(Only used when add==TRUE.  The limits to use on the y-axis.
（仅用于当add==TRUE。限制使用在y轴。


参数：pretty
If TRUE, display bases as dots which are in 2nd or higher row and are identical to corresponding base in 1st row.
如果TRUE，显示基准点是在第2或更高的行，并在第一行的相应的基础是相同的。


参数：min.char.size
The smallest value (in inches) that a character can be.  If characters need to be smaller than this, skip the plot.
最小的值（以英寸为单位）可以是一个字符。如果字符需要比这更小的，跳过的图。


参数：...
Additional arguments to be passed to plot()
额外的参数被传递到绘制（）


（作者）----------Author(s)----------


Melissa J. Hubisz



实例----------Examples----------


require("rphast")
exampleArchive <- system.file("extdata", "examples.zip", package="rphast")
unzip(exampleArchive, "ENr334.maf")
m <- read.msa("ENr334.maf")
plot.msa(m)
plot.msa(m[, 1:2])
plot.msa(m[,1:20])
plot.msa(m[1:3,1:40])
plot.msa(m[,1:100])
plot.msa(m[,1:50], refseq=NULL)
rm(m)
unlink("ENr334.maf")

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注：
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注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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