R语言 rphast包 phyloP()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

phyloP(rphast)
phyloP()所属R语言包：rphast

                                        phyloP (basewise or by feature)
                                         phyloP（basewise或按功能）

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Conservation/acceleration p-values on an alignment and evolutionary model. Produces scores for every column in an alignment, or for every element
保护/加速的调整和演化模型的p值。生产成绩中的每一列对齐，或为每个元素


用法----------Usage----------


    branches=NULL, ref.idx=1, outfile=NULL, outfile.only=FALSE,
    outfile.format="default")



参数----------Arguments----------

参数：mod
An object of class tm representing the neutral model.
对象的类tm中性模型。


参数：msa
The multiple alignment to be scored.
多序列比对得分。


参数：method
The scoring method.  One of "SPH", "LRT", "SCORE", or "GERP".
评分方法。的一个“SPH”，“轻铁”，“SCORE”，或“GERP”。


参数：mode
The type of p-value to compute.  One of "CON", "ACC", "NNEUT", or "CONACC".
来计算p-值的类型。的一个“CON”，“ACC”，“NNEUT”，或“CONACC”。


参数：features
An object of type feat.  If given, compute p-values for every feature.
的对象类型feat。如果给定，计算p值的所有功能。


参数：subtree
A character string giving the name of a node in the tree. Partition the tree into the subtree beneath the node and the complementary supertree, and consider conservation or acceleration in the subtree given the supertree.  The branch above the specified node is included with the subtree.
一个字符串，给出一个树中的节点的名称。分区到下方的节点的子树的树和互补supertree，并考虑鉴于supertree的子树中的养护或加速度。上面指定的节点与子树的分支。


参数：branches
A vector of character strings giving the names of branches to consider in the subtree.  The remaining branches are considered part of the supertree, and the test considers conservation or acceleration in the subtree relative to the supertree. This option is currently only available for method="LRT" or "SCORE".
一个字符串向量给予考虑的子树中的分支的名称。其余的分支被认为是部分的supertree，和测试参考的子树中的相对的supertree养护或加速度。此选项仅适用于=“LRT”或“SCORE”。


参数：ref.idx
index of reference sequence in the alignment.  If zero, use frame of reference of entire alignment.  If ref.idx==-1 and features are provided, try to guess the frame of reference of each individual feature based on sequence name.
在对准的参考序列的指数。如果为0，则使用整个调整的参考框架。如果ref.idx == -1和功能，尝试猜根据各特征序列名称参考的框架。


参数：outfile
Character string.  If given, write results to given file.
字符的字符串。如果给定的，结果写入给定的文件。


参数：outfile.only
Logical.  If TRUE, do not return any results to R (this may be useful if results are very large).
逻辑。如果TRUE，不返回任何结果R（如果结果是非常大的，这可能是有用的）。


参数：outfile.format
Character string describing format of file output.  Possible formats depend on other options (see description below). Current options are "default", "gff", or "wig".
字符串描述的格式的文件输出。可能的格式依赖于其他选项（见下面的说明）。目前的选项是“默认”，“GFF”，或“假发”。


Details

详细信息----------Details----------

outfile.format options:
outfile.format选项：

If features is provided, then outfile.format can be either "default" or "gff".  If it is "default", then the outfile will be a table in zero-based coordinates, which includes start and  end coordinates, feature name, parameter estimates, and p-values. If outfile.format is "gff", then the output file will be a GFF file (in 1-based coordinates) with a score equal to the -log10 p-value for each element.
如果提供的功能，，然后outfile.format可以是“默认”或“GFF”。如果它是“默认”，然后将outfile中基于零的坐标系中的一个表，其中包括起点和终点坐标，功能名称，参数估计，和p-值。 ，如果outfile.format是“GFF”，然后输出文件将是一个GFF文件（基于1-坐标）等于-log10的每个元素的p值的得分。

If features is not provided, then outfile.format can be either "default" or "wig".  In either case the outfile will be in fixed step wig format (see http://genome.ucsc.edu/goldenPath/help/wiggle.html). If format is "default", then each row (corresponding to one alignment column) will contain several values, such as parameter estimates and p-values for that column.  If outfile.format is "wig", then the output file will be in strict wig format, with a single value per line indicating
如果没有提供的功能，，然后outfile.format可以是“默认”或“假发”。在任一情况下outfile中，将在固定步骤假发格式（见http://genome.ucsc.edu/goldenPath/help/wiggle.html）。如果格式是“默认”，则每一行（对应于一个对准柱）将包含几个值，如参数估计值和该列的p-值。如果outfile.format是“假发”，然后输出文件将在严格的假发格式，单一的值，每行表示


值----------Value----------

A data frame containing scores and parameter estimates for
一个数据框的成绩和参数估计


（作者）----------Author(s)----------


Melissa J. Hubisz and Adam Siepel

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注：
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