R语言 rphast包 get4d.msa()函数中文帮助文档(中英文对照)

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get4d.msa(rphast)
get4d.msa()所属R语言包：rphast

                                        Extract fourfold degenerate sites from an MSA object...
                                         提取四倍退化网站从MSA对象...

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Extract fourfold degenerate sites from an MSA object
从MSA对象提取四倍退化网站


用法----------Usage----------





参数----------Arguments----------

参数：x
An object of type msa
的对象类型msa，


参数：features
an object of type feat.  Should have defined coding regions with feature type "CDS"
对象的类型feat。已经定义了编码区的功能型“CDS”


值----------Value----------

An unordered msa object containing only the sites which are
一个无序的MSA对象只包含网站


注意----------Note----------


（作者）----------Author(s)----------


Melissa J. Hubisz and Adam Siepel



实例----------Examples----------


require("rphast")
exampleArchive <- system.file("extdata", "examples.zip", package="rphast")
files <- c("ENr334.maf", "ENr334.fa", "gencode.ENr334.gff")
unzip(exampleArchive, files)
f <- read.feat("gencode.ENr334.gff")
f$seqname <- "hg18.chr6"
m1 <- read.msa("ENr334.maf", features=f, do.4d=TRUE)
m2 <- read.msa("ENr334.maf")
m3 <- get4d.msa(m2, features=f)
m4 <- get4d.msa(read.msa("ENr334.maf"), features=f)
m5 <- get4d.msa(read.msa("ENr334.fa", offset=41405894), features=f)
unlink(files)

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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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