R语言 rphast包 feat()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

feat(rphast)
feat()所属R语言包：rphast

                                        Features Objects
                                         功能对象

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Create a new features object
创建一个新的对象特点


用法----------Usage----------


    strand=NULL, frame=NULL, attribute=NULL, pointer.only=FALSE)



参数----------Arguments----------

参数：seqname
a character vector containing the name of the sequence
包含序列的名称的字符矢量


参数：src
The source of the feature
源的功能


参数：feature
The feature type name
功能类型名称


参数：start
The start of the feature.  Sequence numbering begins at 1.
的功能的开始。序列编号从1开始。


参数：end
The end of the feature.  This is the last coordinate included in the feature.
的端部的功能。这是最后的坐标包括在特征。


参数：score
The feature score, or NA if there is no score.
的特征分数，或如果没有得分不适用。


参数：strand
A character string which is either "+", "-", or "." (if strand is not available or relevant).
一个字符的字符串，是不是“+”，“ - ”，或“。” （如果链是不可用或相关）。


参数：frame
A 0, 1, or 2, which specifies whether the feature is in frame.
A 0，1，或2，它指定的功能是否是在帧。


参数：attribute
A feature attribute (character string).
要素属性（字符串）。


参数：pointer.only
Whether to store object as a pointer to an object in C, rather than as a data.frame in R.
无论是存储对象的一个指针，指向一个对象在C，而不是作为一个数据框在R.


Details

详细信息----------Details----------

See http://www.sanger.ac.uk/resources/software/gff/spec.html for more detailed description of each parameter.
每个参数的更详细的描述，请参阅http://www.sanger.ac.uk/resources/software/gff/spec.html。

All arguments which are provided should be vectors of equal length.
提供的所有参数，这些参数应该是向量的长度相等。

If pointer.only==FALSE, the new object is a data frame, with columns mirroring the GFF Specification Otherwise, it is a list containing a single element, which is
如果== FALSE pointer.only，新的对象就是一个数据框，列镜像的GFF规范，否则，它是一个列表，其中包含一个单一的元素，这是的


值----------Value----------

If pointer.only==FALSE, returns a data.frame whose format mirrors the GFF specification.  Otherwise, returns a list with a single object, which is a external pointer to a C structure representing a
如果pointer.only == FALSE，则返回一个数据框格式反映了GFF规格的。否则，返回一个列表，与一个单一的对象，这是一个外部指针指向一个C结构较


（作者）----------Author(s)----------


Melissa J. Hubisz and Adam Siepel



参见----------See Also----------

read.feat
read.feat


实例----------Examples----------


seq <- rep("hg18.chr6", 10)
src <- rep("fake_example", 10)
feature <- rep("CDS", 10)
start <- seq(1, 100, by=10)
end <- seq(10, 100, by=10)
f <- feat(seq, src, feature, start, end)
dim(f)
dim.feat(f)
f <- feat(seq, src, feature, start, end, pointer.only=TRUE)
dim.feat(f)
      

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注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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