R语言 rphast包 coverage.feat()函数中文帮助文档(中英文对照)

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coverage.feat(rphast)
coverage.feat()所属R语言包：rphast

                                        Features coverage...
                                         功能覆盖...

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Features coverage
功能覆盖


用法----------Usage----------





参数----------Arguments----------

参数：...
objects of type feat
对象类型feat


参数：or
if TRUE, get the coverage of union of feat arguments. or is FALSE by default, which takes the intersection.
如果TRUE，得到的壮举参数工会的覆盖范围。或FALSE默认情况下，它的交汇点。


参数：not
If not NULL, a vector of logicals the same length as the number of features provided (or will be recycled to this length). For each value which is TRUE, then any base *not* included in this feature will be counted.  (The negation is done before any other operation). If NULL, do not negate any features.  There must be at least one feature which is not negated (so that boundaries can be established).
如果没有NULL，一个向量的逻辑值的数目提供的功能（或将被再循环到该长度）的长度相同。对于每一个值是TRUE，任何不包括在此功能的基础将被计算。 （否定任何其他操作之前完成）。如果NULL，不否定任何功能。必须是没有否定（使边界可以建立）中的至少一个特征。


参数：get.feats
if TRUE, return an object of type feat representing the intersection (or union of or==TRUE) of the features
如果TRUE，返回一个类型的对象feat代表的功能的交点（或工会的or==TRUE）


参数：pointer.only
(Only used if get.feats==TRUE).  If TRUE, the features object returned will be stored as a pointer to an object in C.
（仅用于：如果get.feats==TRUE）。如果TRUE，返回的对象的功能将被存储为一个指针中的对象C.


值----------Value----------

The number of bases covered by the feat arguments, or the
的数目的碱基所涵盖的壮举参数，或


注意----------Note----------

Any features object passed into this function which is stored as a
任何功能传递到该函数对象被存储为一个


（作者）----------Author(s)----------


Melissa J. Hubisz



实例----------Examples----------


require("rphast")
feat1 <- feat(seqname=c(rep("chr1", 3), rep("chr2", 2)),
              start=c(1, 5, 100, 10, 20),
              end=c(7, 10, 105, 15, 30))
feat2 <- feat(seqname=c("chr1","chr2"),
              start=c(1,1), end=c(5,10))
coverage.feat(feat1, feat2, or=FALSE)
coverage.feat(feat1, feat2, or=TRUE)
coverage.feat(feat1, feat2, get.feats=TRUE, or=TRUE)
coverage.feat(feat1, feat2, or=TRUE)
rm(feat1, feat2)

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