R语言 rphast包 codon.clean.msa()函数中文帮助文档(中英文对照)

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codon.clean.msa(rphast)
codon.clean.msa()所属R语言包：rphast

                                        Clean an alignment for codon analysis...
                                         清洁密码分析的对齐方式...

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Clean an alignment for codon analysis
清洁密码分析的对齐方式


用法----------Usage----------





参数----------Arguments----------

参数：x
An object of type msa
的对象类型msa，


参数：refseq
The name of the reference sequence to be used.  If given, strip all columns which contain gaps in refseq.  Once this is done, alignment should be in frame.  If refseq==NULL then alignment should be in frame as it is sent in (no gaps are stripped).
要使用的参考序列的名称。如果给定，去除所有列包含在RefSeq的差距。一旦这样做了，对应应该是在帧。如果refseq==NULL然后走线应在框架，因为它是发送（无缺口被剥夺）。


参数：strand
Either "+" or "-".  If "-", reverse complement the alignment.
无论是“+”或“ - ”。如果“ - ”反向互补的对齐方式。


值----------Value----------

An object of type msa.  It will be the same as the original msa, with the following modifications:  
的对象类型msa。这将是原始msa的相同，与以下修改：

If refseq is not NULL, columns with gaps in refseq will be stripped.
如果RefSeq的是NULL，列在RefSeq的差距将被剥离。

If strand is "-", the new msa will be the reverse complement of the original.
如果链是“ - ”，新msa的将是原来的反向互补。

After the gap stripping and reverse complementing steps, each sequence is searched for stop codons.  If encountered, the stop codon and the rest of the sequence to follow is converted to missing data.  The resulting msa has a length equal to the longest remaining sequence (end columns with all missing data are removed). </ul>
后间隙剥离和反向补充步骤，每一个终止密码子序列搜索。如果遇到，终止密码子和其余的序列遵循被转换到丢失的数据。将所得msa的具有的长度等于最长的其它序列（所有丢失的数据将被移除的端列）。 </ ul>


注意----------Note----------

If the input msa (x) is stored as a pointer, its value will be
如果输入msa的（x）被存储作为一个指针，其值将是


（作者）----------Author(s)----------


Melissa J. Hubisz

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注：
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