R语言 rphast包 add.signals.feat()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

add.signals.feat(rphast)
add.signals.feat()所属R语言包：rphast

                                        Add start/stop codon, 3'/5' splice signals to features...
                                         将启动/停止密码子，3/ 5剪接位信号的功能...

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Add start/stop codon, 3'/5' splice signals to features
上传启动/停止密码子，3/ 5剪接位信号特征


用法----------Usage----------





参数----------Arguments----------

参数：x
An object of type feat.  CDS regions must be present with type "CDS", and the transcript_id must be indicated in the attribute field.
的对象类型feat。 CDS区域必须是本型“CDS”的，和transcript_id必须在属性字段中的表示。


值----------Value----------

An object of type feat, with all the entries of the original object, but
一个对象的类型feat，与原来的对象的所有条目，但


注意----------Note----------


（作者）----------Author(s)----------


Melissa J. Hubisz and Adam Siepel



实例----------Examples----------


require("rphast")
exampleArchive <- system.file("extdata", "examples.zip", package="rphast")
featFile <- "gencode.ENr334.gp"
unzip(exampleArchive, featFile)
f <- read.feat(featFile)
table(f$feature)
coverage.feat(f[f$feature=="CDS",])
coverage.feat(f[f$feature=="exon",])
f <- add.signals.feat(f)
table(f$feature)
coverage.feat(f[f$feature=="3'splice",])
coverage.feat(f[f$feature=="5'splice",])
coverage.feat(f[f$feature=="start_codon",])
coverage.feat(f[f$feature=="stop_codon",])

转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。


注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。