Pfam库和nr库是个什么关系？

zeam · 发表于 2012-2-24 09:15:10

我想从RNA-seq数据拼接的序列里找出non-coding的转录本，想用HMMER搜索Pfam库，结果A库和B库都筛完之后，随机取出50个序列，比对nr库，结果还是有很多比对上蛋白质。HMMER的E值为默认值，请问为什么会出现这种情况？

jujushen · 发表于 2012-5-10 13:40:45

我了解不多，但为什么用pfam找noncoding呢，即使在这段序列里它是noncoding的还是有可能和其他序列coding区有相似性的

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