R语言 RMark包 run.mark.model()函数中文帮助文档(中英文对照)

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run.mark.model(RMark)
run.mark.model()所属R语言包：RMark

                                        Runs analysis with MARK model using MARK.EXE
                                         MARK模型MARK.EXE运行分析

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Passes input file from model (model$input) to MARK, runs MARK, gets output and extracts relevant values into results which is appended to the mark model object.
通过输入文件从模型（model$input）MARK，MARK运行，获取output和提取相关值results这是附加的mark模型对象。


用法----------Usage----------


  run.mark.model(model, invisible = FALSE, adjust = TRUE,
    filename = NULL, prefix = "mark", realvcv = FALSE,
    delete = FALSE, external = FALSE)



参数----------Arguments----------

参数：model
MARK model created by make.mark.model
MARK模型创建的make.mark.model


参数：invisible
if TRUE, exectution of MARK.EXE is hidden from view
如果为TRUE，从视图中隐藏exectution MARK.EXE


参数：adjust
if TRUE, adjusts number of parameters (npar) to number of columns in design matrix, modifies AIC and records both
如果为true，则调整参数的数量（NPAR）的设计矩阵中的列数，修改AIC和记录都


参数：filename
base filename for files created by MARK.EXE. Files are named filename.*.
碱基的MARK.EXE创建的文件的文件名。被命名文件的文件名。*。


参数：prefix
base filename prefix for files created by MARK.EXE; the files are named prefixnnn.*
碱基的MARK.EXE创建的文件的文件名前缀为文件命名为prefixnnn。


参数：realvcv
if TRUE the vcv matrix of the real parameters is extracted and stored in the model results
如果为TRUE VCV的真实参数的矩阵模型的结果中提取并存储在


参数：delete
if TRUE the output files are deleted after the results are extracted
如果为true，输出文件被删除后的结果中提取


参数：external
if TRUE the mark object is saved externally rather than in the workspace; the filename is kept in its place
如果为true，标记对象被保存在外部，而不是在工作区中的文件名保持在其位置


Details

详细信息----------Details----------

This is a rather simple function that initiates the analysis with MARK and extracts the output. An analysis was split into two functions make.mark.model and run.mark.model to allow a set of models to be created and then run individually or collectively with run.models.  By default, the execution of MARK.EXE will appear in a separate window in which the progress can be monitored. The window can be suppressed by setting the argument invisible=TRUE. The function returns a mark object and it should be assigned to the same object to replace the original model (e.g., mymodel=run.mark.model(mymodel)). The element output is the base filename that links the objects to the output files stored in the same directory as the R workspace.  To removed unneeded output files after deleting mark objects in the workspace, see cleanup. results is a list of specific output values that are extracted from the output. In extracting the results, the number of parameters can be adjusted (adjust=TRUE) to match the number of columns in the design matrix, which assumes that it is full rank and that all of the parameters are estimable and not confounded.  This can be useful if that assumption is true, because on occasion MARK.EXE will report an incorrect number of parameters in some cases in which the parameters are at boundaries (e.g., 0 or 1 for probabilities).  If the true parameter count is neither that reported by MARK.EXE nor the number of columns in the design matrix, then it can be adjusted using adjust.parameter.count.
这是一个相当简单的功能，启动分析的MARK和提取输出。分析被分成两个功能make.mark.model和run.mark.model允许一组模型被创建，然后运行单独或集体run.models。默认情况下，执行MARK.EXE会出现在一个单独的窗口，在其中的进展情况进行监测。该窗口可以抑制通过设置参数invisible=TRUE。该函数返回一个mark对象，它应该被分配到同一个对象，以取代原来的模式（例如，mymodel=run.mark.model(mymodel)）。元素output是连接对象的基本文件名，输出文件存储在同一目录中的R工作空间。要删除标记对象在工作区中删除不需要的输出文件后，看到cleanup。 results是从输出中提取特定的输出值的列表。在提取结果，可以调整的参数（adjust=TRUE），假定它是满秩的设计矩阵中的列数相匹配的所有参数都是难能可贵的，不能混淆。这可能是有用的，如果这个假设是正确的，因为有时MARK.EXE，将报告的数量不正确的参数中的参数是在边界在某些情况下（例如，0或1的概率）。如果真实参数计数既不是报告由MARK.EXE也不在设计矩阵中的列的数目，那么它可以使用adjust.parameter.count调整。

If filename is assigned a value it is used to specify files with those names. This is most useful to capture output from a model that has already been run. If it finds the files with those names already exists, it will ask if the results should be extracted from the files rather than re-running the models.
如果filename分配一个值，它是用来指定使用这些名称的文件。这是最有用的一个已经运行的模式，从捕获输出。如果发现使用这些名称的文件已经存在，它会询问结果应当提取的文件，而不是重新运行模型。


值----------Value----------

model: MARK model object with the base filename stored in output and the extracted results from the output file appended onto list; see mark for a detailed description of a mark object.
模型：的MARK模型对象的基本文件名存储在output和提取的results从输出文件添加到列表，请参阅mark的mark对象的详细说明， 。


（作者）----------Author(s)----------



Jeff Laake




参见----------See Also----------

make.mark.model, run.models, extract.mark.output, adjust.parameter.count, mark, cleanup
make.mark.model，run.models，extract.mark.output，adjust.parameter.count，mark，cleanup


实例----------Examples----------



data(dipper)
for(sex in unique(dipper$sex))
{
        x=dipper[dipper$sex==sex,]
        x.proc=process.data(x,model="CJS")
        x.ddl=make.design.data(x.proc)
        Phi.dot=list(formula=~1)
        Phi.time=list(formula=~time)
        p.dot=list(formula=~1)
        p.time=list(formula=~time)
        cml=create.model.list("CJS")
        x.results=mark.wrapper(cml,data=x.proc,ddl=x.ddl,prefix=sex)
        assign(paste(sex,"results",sep="."),x.results)
}
rm(Male.results,Female.results,x.results)
cleanup(ask=FALSE,prefix="Male")
cleanup(ask=FALSE,prefix="Female")


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