R语言:ranef.lme()函数中文帮助文档(中英文对照)

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ranef.lme(nlme)
ranef.lme()所属R语言包：nlme

                                        Extract lme Random Effects
                                         提取LME随机效应“

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

The estimated random effects at level i are represented as a data frame with rows given by the different groups at that level and columns given by the random effects. If a single level of grouping is specified, the returned object is a data frame; else, the returned object is a list of such data frames. Optionally, the returned data frame(s) may be augmented with covariates summarized over groups.  
水平估计随机效应i代表在该级别的不同群体和随机效应的列的行作为一个数据框。如果指定的单级分组，返回的对象是一个数据框;否则，返回的对象是这些数据框的列表。或者，返回的数据框（S），可扩充多组总结的协变量。


用法----------Usage----------


## S3 method for class 'lme'
ranef(object, augFrame, level, data, which, FUN,
      standard, omitGroupingFactor, subset, ...)



参数----------Arguments----------

参数：object
an object inheriting from class lme, representing a fitted linear mixed-effects model.
一个对象从lme类代表拟合的线性混合效应模型，继承。


参数：augFrame
an optional logical value. If TRUE, the returned data frame is augmented with variables defined in data; else, if FALSE, only the coefficients are returned. Defaults to FALSE.
一个可选的逻辑值。如果TRUE的，返回的数据框的增强与定义的变量在data;否则，如果FALSE，只有系数返回。 FALSE默认。


参数：level
an optional vector of positive integers giving the levels of grouping to be used in extracting the random effects from an object with multiple nested grouping levels. Defaults to all levels of grouping.  
一个正整数，给分组被用于从多个嵌套分组级别的对象中提取随机效应的水平可选的向量。默认分组各级。


参数：data
an optional data frame with the variables to be used for augmenting the returned data frame when augFrame =      TRUE. Defaults to the data frame used to fit object.
一个可选的数据框的变量将用于充实返回的数据框时augFrame =      TRUE。默认为数据框，使用适合object。


参数：which
an optional positive integer vector specifying which columns of data should be used in the augmentation of the returned data frame. Defaults to all columns in data.
一个可选的正整数向量，指明列data应在返回的数据框的增强。 data所有列的默认值。


参数：FUN
an optional summary function or a list of summary functions to be applied to group-varying variables, when collapsing data by groups.  Group-invariant variables are always summarized by the unique value that they assume within that group. If FUN is a single function it will be applied to each non-invariant variable by group to produce the summary for that variable.  If FUN is a list of functions, the names in the list should designate classes of variables in the frame such as ordered, factor, or numeric.  The indicated function will be applied to any group-varying variables of that class.  The default functions to be used are mean for numeric factors, and Mode for both factor and ordered.  The Mode function, defined internally in gsummary, returns the modal or most popular value of the variable.  It is different from the mode function that returns the S-language mode of the variable.
一个可选的汇总函数或汇总函数的列表被应用到不同组的变量，当崩溃data团体。集团不变的变量总是总结了独特的价值，他们在该组承担。 FUN如果是一个单一的功能，将应用于组每个非不变的变量，该变量为生产总结。如果FUN是一个功能列表，列表中的名称应指定类的变量，如ordered，factor或numeric帧。指定的函数将被应用到这个类的任何组不同的变量。要使用的默认功能是mean数字因素，Mode都factor和ordered。 Mode函数内部定义在gsummary，返回变量的模式或最流行的价值。它mode函数返回变量的S-语言模式是不同的。


参数：standard
an optional logical value indicating whether the estimated random effects should be "standardized" (i.e. divided by the estimate of the standard deviation of that group of random effects). Defaults to FALSE.  
可选的逻辑值，该值指示是否估计随机效应应该是“标准化”（即由该组随机效应的标准偏差的估计分）。 FALSE默认。


参数：omitGroupingFactor
an optional logical value.  When TRUE the grouping factor itself will be omitted from the group-wise summary of data but the levels of the grouping factor will continue to be used as the row names for the returned data frame. Defaults to FALSE.
一个可选的逻辑值。当TRUE分组因素本身将被省略组明智总结data但分组因素的水平，将继续使用返回的数据框的行名。 FALSE默认。


参数：subset
an optional expression indicating for which rows the random effects should be extracted.
一个可选的表达式指示哪些行应提取的随机效应。


参数：...
some methods for this generic require additional arguments.  None are used in this method.  
这个通用的一些方法需要额外的参数。没有使用这种方法。


值----------Value----------

a data frame, or list of data frames, with the estimated  random effects at the grouping level(s) specified in level and, optionally, other covariates  summarized over groups. The returned object inherits from classes random.effects.lme and data.frame.
一个数据框，数据框列表level指定分组级别（S）的估计随机效应，，选择性，其他变项总结了组。返回的对象继承自类random.effects.lme和data.frame。


作者（S）----------Author(s)----------


Jose Pinheiro and Douglas Bates <a href="mailto:bates@stat.wisc.edu">bates@stat.wisc.edu</a>



参考文献----------References----------

in S and S-PLUS&quot;, Springer, esp. pp. 100, 461.  

参见----------See Also----------

coef.lme, gsummary, lme,  plot.ranef.lme,  random.effects
coef.lme，gsummary，lme，plot.ranef.lme，random.effects


举例----------Examples----------


fm1 <- lme(distance ~ age, Orthodont, random = ~ age | Subject)
ranef(fm1)
random.effects(fm1)             # same as above[与上述相同]
random.effects(fm1, augFrame = TRUE)

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