convert.snp.illumina(GenABEL)
convert.snp.illumina()所属R语言包：GenABEL
function to convert genotypic data from Illumina/Affymetrix to internal format
基因型数据转换从Illumina公司/ Affymetrix公司的内部格式的功能
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Converts genotypic data from Illumina/Affymetrix-like format to internal genotypic data formated file
转换基因型Illumina公司/ Affymetrix公司的类似的格式的数据从内部的基因型数据格式化文件
用法----------Usage----------
convert.snp.illumina(infile, outfile, strand = "+", bcast = 10000000)
参数----------Arguments----------
参数：infile
Map + genotypic data file name
图+基因型数据文件名
参数：outfile
Output data file
输出数据文件
参数：strand
Specification of strand, one of "u" (unknown), "+", "-" or "file". In the latter case, extra column specifying the strand (again, one of "u", "+", or "-") should be included on the infile.
规范链，一个“U”（未知），“+”，“ - ”或“文件”。在后者的情况下，额外的列指定链（再次，一个的“u”，“+”或“ - ”），应在将infile。
参数：bcast
Reports progress after reading bcast portion of SNP genotypes
报告进度后，阅读的BCAST部分的SNP基因型
Details
详细信息----------Details----------
Input file is the one which could be typically obtained from Illumina BeadStudio software. For example:
输入文件是一个通常可以得到从Illumina公司BeadStudio软件。例如：
Name Chr Pos id1 id2 id3
名称染色体位置ID1 ID2 ID3
rs1001 2 12897 AC AA AA
rs1001 12897 AC AA AA
rs2401 3 12357 AG GG AG
rs2401 12357 AG GG AG
rs123 3 5327 TC TT CC
rs123 5327 TC TT CC
Here, every row corresponds to a SNP, and each column, starting with the 4th, corresponds to a person.
在这里，每一行对应于一个SNP，并且每一列中，与第4次开始，对应于一个人。
When strand information is available (option strand="file"), the file should look like
当链信息链（选项=“文件”），该文件应该看起来像
Accepted allele codes: 1/2, A/B, A/T, A/G, A/C, T/G, T/C, G/C, A/-, T/-, G/-, C/-. Here, "-" stands of a deletion. Missing data can be coded as "–" or "00". Make sure that the coding for missing is "00" if you use one of the codings A/-, T/-, G/-, C/-!
接受等位基因编码：1/2，A / B，A / T，A / G，A / C，T / C，A / G / C，T / G， - ，T / - ，G / - ，C / - 。在这里，“ - ”表示删除。丢失的数据可以被编码为“ - ”或“00”。确保缺少的编码为“00”，如果你使用的编码中A / - ，T / - ，G / - ，C / - ！
Name Chr Pos Strand id1 id2 id3
名称染色体位置东街ID1 ID2 ID3
rs1001 2 12897 + AC AA AA
rs1001 2 12897 + AC AA AA
rs2401 3 12357 - AG GG AG
rs2401 12357 - AG GG AG
rs123 3 5327 + TC TT CC
rs123 3 5327 + TC TT CC
Accepted strand coding: +, -, u (unknown)
链编码+， - ，U（未知）
The procedure always codes genotypes that "0", "1" and "2" correspond to AA, AB, and BB, where B is the less frequent allele. Thus GWA analysis procedures will return effect of the minor allele.
该过程始终的代码“0”，“1”和“2”对应于AA，AB和BB，其中B是较不频繁的等位基因的基因型。因此，GWA分析程序将返回的未成年人的等位基因。
值----------Value----------
Does not return any value, but writes file with GenABEL raw data
不返回任何值，但与GenABEL原始数据写入文件
注意----------Note----------
The function does not check if "outfile" already exists, thus it is always over-written
如果不检查“输出文件”已经存在的功能，因此它总是超额书面
（作者）----------Author(s)----------
Yurii Aulchenko
参见----------See Also----------
load.gwaa.data, convert.snp.text, convert.snp.mach, convert.snp.tped
load.gwaa.data，convert.snp.text，convert.snp.mach，convert.snp.tped
实例----------Examples----------
#[]
# convert.snp.illumina(infile="pedin.18",out="genos.raw",strand="+")[convert.snp.illumina（INFILE =“pedin.18，输出=”genos.raw“，链=”+“）]
#[]
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发表于 2012-9-18 08:37:12
