卷曲螺旋预测方法和预测蛋白质的跨膜区段和在膜上的取向

xiaoliu

其它特殊局部结构
其它特殊局部结构包括膜蛋白的跨膜螺旋、信号肽、卷曲螺旋(Coiled  Coils)等，具
有明显的序列特征和结构特征，也可以用计算方法加以预测。
COILS：卷曲螺旋预测方法，将序列与已知的平行双链卷曲螺旋数据库进行比较，
得到相似性得分，并据此算出序列形成卷曲螺旋的概率。
TMpred：预测蛋白质的跨膜区段和在膜上的取向，它根据来自 SWISS-PROT 的跨
膜蛋白数据库  Tmbase，利用跨膜结构区段的数量、位置以及侧翼信息，通过加权
打分进行预测。
SignalP：预测蛋白质序列中信号肽的剪切位点。
COILS 的网址是：http://www.ch.embnet.org/software/COILS_form.html。
TMpred 的网址是：http://www.ch.embnet.org/software/TMPRED_form.html。
SignalP 的网址是：http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/。