本帖最后由 genechip 于 2010-7-23 13:27 编辑
IPO-38 Is Identified as a Novel Serum Biomarker of Gastric Cancer Based on Clinical Proteomics Technology
Yuan Hao,†,# Yingyan Yu,*,† Lishun Wang,‡,# Min Yan,† Jun Ji,† Ying Qu,† Jun Zhang,†
Bingya Liu,† and Zhenggang Zhu*,†
introduction
在中国，胃癌是一种非常常见的恶性肿瘤。它不仅占中国癌症相关死亡比例大，也是全世界第二大引起癌症死亡的因素。患有胃癌的患者具有相对的预后不良，尤其临床晚期的患者的5年存活率不到35%。虽然胃癌预后在某些方面已经取得了改进，将来增加存活率还是要依赖早期诊断。具研究表明，胃癌在发展到更高阶段之前通常保持比较稳定的状态。内镜生检一直是胃癌诊断的一个金标准。然而，内镜检验是一种令人不舒服的侵入性检验过程。这种方法不是被广泛接受的筛选方法。血清样本筛选是一种非常容易并且不贵的筛选方法。通常被认为是一种理想的检测方法。目前已经发现一些血清肿瘤标记物，比如癌胚抗原CEA，糖抗原CA类等。根据我们的临床经验和其他报道，用CEA和CA作为胃癌早期诊断标记物仍然存在争论。在肿瘤诊断中单一生物标记物的敏感性过低，并且存在很大的假阳性。虽然有一些研究者提出将这些标记物作为胃癌诊断因子，然而目前没有已知的血清肿瘤标记物能够用于胃癌诊断。（高敏感性和特异性）。因此，寻找新的具有高敏感性和特异性的血清生物标记物用于胃癌检测是非常必要的。 蛋白质组学技术的发展，提供了很好的机会，用于发现新的胃癌生物标记物。蛋白质芯片是蛋白质组学技术之一。其中，抗体芯片则非常普遍的应用于临床蛋白质组学研究。临床蛋白质组学是指来自细胞，组织，器官，血清，甚至患者体液中的所有蛋白质表达谱。临床蛋白质组学强调将蛋白质组学技术应用于床边，快速获取患者血液中的蛋白质组学表达模式。这一技术能够用于检查小样本中多种蛋白质，并且具有很好的可重复性和高敏感性[11]。因此，此技术可以通过产生高通量蛋白质表达谱而用于寻找和确定候选生物标记物[12]。本文，我们采用高密度抗体芯片技术，检测胃癌血清蛋白质表达情况。一些其他的外科术后固体癌症样本，如结肠癌，肝癌，胰腺癌以及乳腺癌作为对比研究。芯片包含722中抗体，其中包括一些作为芯片内参的管家蛋白，和重要生物学过程中(应激反应，血管生成，凋亡，细胞循环，DNA损伤修复，信号传导和淋巴细胞标记物)的多种抗体。一个上调血清蛋白，IPO-38，一个细胞增殖标记物，用于进一步做酶联免疫吸附沉淀实验，western-blot实验，免疫沉淀实验，免疫组织化学和TOF-MS分析实验。与此同时，我们还测定了血清样本中CEA，CA等标记物的表达水平，作为新标记物的平行对照试验。 材料和方法 临床样本收集和抗体芯片检测 样本来自于上海交通大学医学院，瑞金医院，11例恶性肿瘤患者早晨，空腹采取5ml外周血。日期是从2006年1月到2007年1月。血液样本在采集4个小时后进行干燥离心10分钟2000g并存储于-30度。两个正常样本血液作为对照。在这些患者中，包括3个胃癌，2个结肠癌，2个高级胰腺癌，2个肝癌，2个乳腺癌。患者年龄从21到70岁。所有患者都已知情。 使用高密度抗体芯片CA。操作过程简介如下，血清在10000g，4度情况下离心10分钟。用BCA蛋白含量测定试剂盒测量蛋白质浓度，加入0.0143mg生物素到0.1mg蛋白质样本中。生物素与蛋白质的比例室温状态(23-25度)保持在1:7，持续2个小时。使用spin colums纯化生物素标记的蛋白质。在室温潮湿的chamber中，生物素标记的蛋白质与抗体芯片进行杂交2个小时。杂交之后，通过抗生蛋白链霉素室温溶解45分钟后检测芯片。在使用检测抗体cy3荧光染料室温染色45分钟后，将芯片插入GenePix4000B扫描信号值。每一个点的荧光强度的ratio值代表血液样本中蛋白质的含量。扫描后的信号信息转变成数字信息后，导入excel中。使用Cluster和treeview(http://genome-www5.stanford.edu/MicroArray/SMD/restech.html)进行等级聚类和可视化。
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转化医学例子.rar
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发表于 2010-7-23 10:52:48