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各种类型的数据库，仅供参考，希望大家一起补充
综合数据库
★ INSD,国际核酸序列数据库（International Nucleotide Sequence Databank）。由日本的DDBJ、欧洲的EMBL和美国的GenBank三家各自建立和共同维护。
★ EMBL库，欧洲分子生物学实验室的DNA和RNA 序列库。 http://www.ebi.ac.uk/embl.html
★ GenBank ，美国国家生物技术信息中心 （NCBI）所维护的供公众自由读取的、带注释的DNA序列的总数据库。http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Web/Genbank/
★ DNA Databank of Japan (DDBJ) ，日本核酸数据库。 http://www.ddbj.nig.ac.jp/
★ GSDB是由美国国家基因组资源中心（NCGR）维护的DNA序列关系数据库（Genome Sequence DataBase）。 http://www.ncgr.org/gsdb/
★ TIGR DATAbase,是世界上最大的cDNA数据库，还有大量的EST序列和人类基因索引（HGI）。 http://www.tigr.org/tdb/hcd/overview.html
DNA序列数据库
包括与DNA的复制、转录、修复等有密切关系的蛋白质因子。
★BioSino是中国自主开发的核酸序列公共数据库。
http://www.biosino.org/
★CUTG,MM子使用频度表。
http://www.dna.affrc.go.jp/~nakamura/CUTG.html
http://www.kazusa.or.jp/codon/
http://www.dna.affrc.go.jp/~nakamura/CUTG.html
★EPD,真核生物启动子数据库（Eukaryotic Promotor Database）。
http://www.epd.isb-sib.ch/
★TRANSFAC,真核生物基因表达调控因子的数据库。
http://transfac.gbf.de/TRANSFAC
★ TRRD.真核生物基因组转录调控区数据库。
http://www.mgs.bionet.nsc.ru/mgs/dbases/trrd4/
★OOTFD,转录因子和基因表达数据库。
http://www.ifti.org/
★RepBase,真核生物DNA中重复序列数据库。
http://www.girinst.org/~server/repbase.html
★ MicroSatellite,微卫星重复序列数据库。
http://nmnhgoph.si.edu/gopher-menus/MicroSatelliteDatabase.html
★ALU数据库是人及其他灵长类代表性的Alu重复片段。
http://ncbi.nlm.nih.gov(/pub/jmc/alu/)
★ Simple Repeats,简单重复序列库。
http://ncbi.nlm.nih.gov
★COMPEL,复合元件数据库。
ftp://ftp.gbf-braunschweig.de(/pub/compel/)
★MPDB,分子探针数据库。
http://www.biotech.ist.unige.it/interlab/mpdb.html
★HvrBase,灵长类mtDNA调控区序列库，主要是人的HVI和HVII两个高变异区的序列。
http://monolith.eva.mpg.de/hvrbase/
★PlantCARE,植物顺式作用(cis-acting)调控因子数据库。
http://sphinx.rug.ac.be:8080/PlantCare/
★PLACE是从文献中搜集的植物顺式作用调控元件DNA模体的数据库,只涉及维管植物。
http://www.dna.affrc.go.jp/htdocs/PLACE/
ftp://ftp.dna.affrc.go.jp(/pub/dna_place/place.seq)
★Mendel数据库,搜集植物STS和EST序列。
http://jiio6.jic.bbsrc.ac.uk/
★HOX Pro同源异型盒(homeobox)基因数据库。
http://spirov.iephb.nw.ru/hox_pro/hox-pro00.html
★OPD,寡核苷酸探针数据库(Oligonucleotide Probe Database)。
http://www.cme.msu.edu/OPD/
★dbSTS,序列标记位点(Sequence Tagged Sites)数据库。
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/dbSTS/
ftp://ncbi.nlm.nih.gov(/repository/dbSTS)
★dbEST.这是GenBank的重要组成部分,它包含若干物种的已表达的序列标记信息.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/dbEST/
ftp://ncbi.nlm.nih.gov(/repository/dbEST)
★AmmtDB,后生动物线粒体DNA多序列联配数据库,搜集了脊椎动物线粒体中编码蛋白质和tRNA的多DNA序列对比数据,以及哺乳动物mtDNA主调控区序列联配数据.
www.ba.cnr.it:8000/BioWWW/#AMMTDB" target="_blank">www.ba.cnr.it:8000/BioWWW/#AMMTDB>http://bio-www.ba.cnr.it:8000/BioWWW/#AMMTDB
★HOVERGEN,脊椎动物同源基因数据库(HOmologous VERtebrate GENes)。
http://acnuc.univ-lyon1.fr/
ftp://ftp.infobiogen.fr(/pub/db/acnuc/hovergen)
★ DNA结构参数库.
ftp://transfac.gbf.de(/pub/structure_library)
★ NUCLEOSOME数据库,收集实验测定的核小体数据,用于预测DNA中与组蛋白八聚体结合的位点.
ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/nucleosomal_dna/
★ SELEX_DB,随机化序列库.
http://www.mgs.bionet.nsu.ru/mgs/systems/selex/
★ ASDB,交替剪接基因的数据库.
http://hattrick.lbl.gov:8888/
★Intronerator,秀丽线虫内含子和交替剪接数据库。
http://www.cse.ucse.edu/~kent/intronerator/
★IDB和IEDB前者是内含子序列数据库，后者是内含子演化数据库。
http://numeg.bio.indiana.edu/intron/index.html
★EID,外显子、内含子数据库。
http://mcb.havard.edu/gilbert/EID/
★ExInt,外显子、内含子数据库。
http://intron.bic.nus.edu.sg/rint/exint.html
★NDB,核酸晶体结构数据库。
ftp://ndbserver.rutgers.edu/
http://dnbserver.rutgers.edu/NDB/ndb.html
★VectorDB,载体数据库。
http://vectordb.atcg.com/
★Vector和Vector-ig,包分子生物学常用的许多载体的注释和序列信息。
ftp://ncbi.nlm.nig.gov(/repository/vetcor-ig)
ftp://ncbi.nlm.nig.gov(/repository/vector)
RNA序列和核糖体数据库:
★1993年成立的RNA学会，在出版RNA刊物同时，还维护着两个信息网页：
http://www.pitt.edu/~rna1/
http://www.cup.org/Journals/JNLSCAT/rRNA/rna.html
★snoRNA,小核仁RNA数据库。
http://www.bio.umass.edu/biochem ... noRNA-DataBase.html
★Small RNA数据库。
http://mbcr.bcm.tmc.edu/smallRNA/smallrna.html
★RNAse P数据库，包含RNA水解酶P的RNA亚基序列、联配、二级结构和三维模型
。http://jwbrown.mbio.ncsu.edu/RNAseP/home.html
★tmRNA网点。包含 tmRNA序列、公认蛋白质水解标记、序列联配、确定新tmRNA的导引，以及简要综述等。
http://www.indiana.edu/~tmrna/
★tmRDB.已经联配好的、加有注释的、按亲缘关系排列的tmRNA序列数据。
http://psyche.uthct.edu/dbs/tmRDB/tmRDB.html
★gRNA,导引RNA数据库。
http://www.biochem.mpg.de/~goeringe/
★SRPDB,信号识别粒子数据库。
http://psyche.uthct.edu/dbs/SRPDB/SRPDB.html
★TransTerm,信使RNA的组分和翻译控制信号数据库。
http://biochem.otago.ac.nz/Transterm/
l 类病毒和类病毒样RNA数据库。
http://www.callisto.si.usherb.ca/~jpperra/
★UTRdb和UTRsite。UTRdb是真核生物mRNA的5’端和3’端非翻译区序列的非冗余数据库，UTRsite搜集这些非翻译区序列中的功能片段。
http://bigarea.area.ba.cnr.it:8000/EmbIT/UTRHome/
★ncRNA,似mRNA的非编码RNA数据库。
http://www.man.poznan.pl/5Sdata/ncRNA/index.html
★RNAmods,RNA修饰数据库。
http://www-medlib.med.utah.edu/RNAmods/RNAmods.html
ftp://medlib.med.utah.edu(/library/RNAmods)
★AARSDB,酰氨基tRNA合成酶数据库。
http://rose.man.poznan.pl/aars/index.html
★tRNA序列和基因、结构与功能数据库。
http://www.uni-bayreuth.de/departments/biochemie/trna/
★PLMItRNA基于FastA的绿色植物线粒体tRNA分子和tRNA基因的数据库。
www.ba.cnr.it:8000/srs6/" target="_blank">www.ba.cnr.it:8000/srs6/>http://bio-www.ba.cnr.it:8000/srs6/
http://www.ebi.ac.uk/services/
★16SMDB、16S-likeMDB 、16SMDBexp 、23SMDB、 23S-likeMDBexp数据库，是一批16S和23S核糖体RNA突变数据库。
http://www.fandm.edu/departments/biology/databasee/rna.html
ftp://acad.fandm.edu(/nar/)
★RNA www,RNA二级结构网页，也有16S RNA和23S RNA的数据。
http://pundit.colorado.edu:8080/RNA/
★uRNADB,已经联配好的、加有注释的、按亲缘关系排列的uRNA序列数据。
http://psyche.uthct.edu/dbs/uRNADB/uRNADB.html
★U-insertion/deletion,编辑序列数据库，包含5个无脊椎动质体目物种的线粒体基因和编辑后的mRNA序列。
http://www.lifesci.ucla.edu/RNA/trypanosome/database.html
★PseudoBase,假扭结数据库。
http://www.bio.leidenuniv.nl/~Batenburg/PKB.html
★RDP,核糖体数据库计划。包含小亚基和大亚基的两部分rRNA,由已联配的RNA序列以及亲缘树组成。
http://www.cme.smu.edu/RDP/
http://rdpwww.life.uiuc.edu/
http://rdp.life.uiuc.edu(/pub/)
★SSU rRNA欧洲核糖体小亚基RNA结构数据库。
http://rrna.uia.ac.be/ssu/
★LSU rRNA欧洲核糖体大亚基RNA结构数据库。
http://rrna.uia.ac.be/lsu/
★5S rRNA数据库。
http://rose.man.poznan.pl/5Sdata/index.html
★DRC,核糖体交链数据库。
http://www.mpimg-berlin-dahlem.mpg.de/~ag_ribo/ag_brimacombe/drc/
★ACTIVITY,DNA和RNA中功能位点数据库。
http://www.mgs.bionet.nsu.ru/systems/Activity/
★RNA非正则配对数据库。
http://prion.bchs.uh.edu/bp_type/
基因图谱数据库:
★Rhdb,辐射杂交数据库。
http://www.ebi.ac.uk/RHdb
http://corbra.ebi.ac.uk/Rhdb/species/HUMAN/gm99.html
ftp://ftp.ebi.ac.uk(/pub/databases/RHdb)
★Mouse RH数据库。
http://www-genome.wi.mit.edu/mouse_rh/
★GDB,人类基因组数据库。
http://www.gdb.org/
ftp://ftp.gdb.org
★GeneMap’99,人类基因图谱1999年版。
http://www.ncbi.nih.gov/genemap/
★HuGeMap,人类基因遗传图谱和物理图谱的分布式集成数据库。
ftp://ftp.ebi.ac.uk(/pub/databases/RHdb/gm99.map)
人类基因组测序中心:
★HUGO是人类基因组组织的缩写。
http://hugo.gdb.org/
★HUGO Pacific GENOME Newsletter 是HUGO在太平洋部分，其中反映中国情况的短文在：
http://hugo-pacific.genome.ac.jp/3_2contents/china.html
★美国能源部支持的人类基因组计划
http://www.er.doe.gov/production/ober/hug_top.html
★美国国家卫生署对人类基因组计划的支持，通过NHGRI即国家人类基因组研究所（National Human Genome Research Institute）体现。
http://www.nhgri.nih.gov/
★英国Wellcome Trust是人类基因组计划的另一个主要资助者。
http://www.wellcome.ac.uk/
★百慕大原则：测序的中间和最终结果都必须迅速的公开。
http://www.gene.ucl.ac.uk/hugo/bermuda.html
★世界上主要人类基因组测序中心的名单。
http://www-hgc.lbl.gov/inf/Hgcenters.html
http://www.ornl.gov/hgmis/centers.html
★NCBI的GenBank数据库从1999年10月起，建立了智人基因组子目录，其下按染色体编号设子目录。
http://ncbi.nlm.nih.gov/genbank/genomes/H_sapiens/
★英国的Sanger中心的人类基因组计划网页，不仅有它们负责测序的染色体数据，还有到其他染色体数据的链接。
http://www.sanger.ac.uk/HGP/
★日本的DDBJ和信息生物学中心（CIB）联合建立了一个Human Genomics Studio，可以按染色体编号检索和查找基因序列。
http://studio.nig.ac.jp/
★ Sanger 中心是世界上最大的DAN测序中心之一。承担人类基因组计划的三分之一，集中在1、6、9、10、13、20、22和X。
http://www.sanger.ac.uk/HGP/stats.html
★ LBNL，Lawrence Berkeley 国家实验室。
http://www-hgc.lbl.gov/GenomeHome.html
★LLNL，Lawrence Livermore 国家实验室。
http://www-bio.llnl.gov/bbrp/genome/genome.html
★LANL，美国洛斯阿拉莫斯国家实验室。
http://www-ls.lanl.gov/index.html
★JGI，由美国能源部支持的，依托LBNL、LLNL和LANL三个国家实验室的人类基因组研究部门建的联合基因组研究所（Joint Genome Institute）。
http://jgi.doe.gov/
★UWGC，华盛顿大学基因中心，是国际上最活跃的测序中心之一。
http://www.genome.washington.edu/
ftp://ftp.genome.washington.edu/
★SHGC，斯坦福大学人类基因中心，主要做高分辨率辐射杂交图谱，以及人类第四号染色体BAC克隆的测序。
http://www-shgc.stanford.edu/
★DOGS，基因组尺寸数据库。
http://www.cbs.dtu.dk
★GenBank的/genomes/子目录：
ftp://ftp.cbi.pku.edu.cn(/pub/databases/genband/genomes/)
★ EuGenes,真核生物基因综合知识库，目前包括果蝇、人、小鼠、拟南芥、线虫、酵母、和斑马鱼的数据。
http://iubio.bio.indiana.edu/eugenes
原核生物基因组:
★细菌基因组计划的进展情况，可从以下网站查询：
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/PMGifs/Genomes/bact.html
★MOT ，欧洲生物信息研究所EBI的基因组测序进展表。
http://www.ebi.ac.uk/~sterk/genome-MOT/
★GIB，日本DDBJ设立的Genome Information Broker for microbial genomes 的缩写。
http://mol.genes.nig.ac.jp/gib/
★MAGPIE测序计划清单也可以参考。
http://www-fp.mcs.anl.gov/~gaasterland/genomes.html
★EMGLib,增补微生物基因组库。
http://pbil.univ-lyon1.fr/emglib/emglib.html
★大肠杆菌K12菌株的完全基因组序列，可由GenBank的子目录/genomes/获取，或从华盛顿大学大肠杆菌基因组中心，即Blattner实验室的网页读取：
http://www.genetics.wisc.edu/pub/sequence/
★ECDC,大肠杆菌菌株K12的基因序列库，包括基因、读框、调控区、启动子、终止子、tRNA和rRNA等。
http://susi.bio.uni-giessen.de/ecdc/ecdc.html
ftp://ftp.ebi.ac.uk)/pub/databases/ecdc)
★EcoGene和EcoWeb,大肠杆菌K12菌株基因组数据库，包括基因、蛋白质、基因间蛋白质组信息。
http://bmb.med.miami.edu/EcoGene/EcoWeb/
★RegulonDB,大肠杆菌转录调控和操作子数据库。
http://www.cifn.unam.mx/Computational_Biology/regulondb/
★NRSub,非冗余枯草芽孢杆菌DNA数据库，包括完全基因组、MM子使用表、基因图谱和基因家族。
http://acnuc.univ-lyon1.fr/nrsub/nrsub.html
ftp://ftplnig.ac.jp(/pub/db/nrsub)
★HIDB,流感嗜血菌完全基因组的原始数据库。
http://www.tigr.org:80/tdb/mdb/hidb/hidb.html
ftp://ftp.tigr.org/pub/data/h_influenzae
★HIDC,流感署血菌基因序列库。
http://susi.bio.uni-giessen.de/ecdc/hidc.html
★CyanoBase,蓝细菌数据库，实际上是集胞蓝细菌的基因组数据库。蓝细菌具有氧化和光合作用所需的全套基因。
http://www.kazusa.or.jp/cyano/cyano.html
★MJDB,詹氏甲烷球菌基因组数据库。
ftp://ftp.tigr.org(/pub/data/m_jannaschii)
http://www.tigr.org/tdb/mdb/mjdb/mjdb.html
★MycDB,分枝杆菌数据库。
http://www.biochem.kth.se/MycDB.html
★PGI,疫霉属基因预研究计划的数据库。
http://www.ncgr.org/pgi/
真菌基因组:
★SGS,酿酒酵母基因组数据库。
www.standford.edu/Saccharomyces/" target="_blank">www.standford.edu/Saccharomyces/>http://genome-www.standford.edu/Saccharomyces/
ftp://genome-ftp.stanford.edu(/pub/yeast)
★LISTA,LISTA-HOP和LISTA-HON是酿酒酵母基因组中蛋白质编码序列及其同源性的数据库。
http://www.ch.embnet.org/
ftp://bioftp.unibas.ch
★MYGD,酵母基因组、蛋白质和同源关系的数据库。
http://www.mips.biochem.mpg.de/proj/yeast/
★YIDB,酵母内含子数据库。
http://www.EMBL-Heidelberg.DE/ExternalInfo/seraphin/yidb.html
★MNCDB,由德国MIPS所维护的粗糙链孢霉基因组数据库。
http://www.mips.biochem.mpg.de/desc/neurospora/
★真菌基因组资源的网址：
http://fungus.genetics.uga.edu:5080/main.html
★FGSC,真菌遗传学信息中心。
http://www.fgsc.net/
原生生物和线虫基因组:
★欧洲生物信息研究所EBI的原生生物网页：
http://www.ebi.ac.uk/Projects/Protozoa/
★ AceDB,线虫综合数据库。
ftp://sanger.ac.uk(/pub/acedb)
ftp://ncbi.nlm.nih.gov(repository/acedb)
ftp://lirmm.lirmm.fr(/pub/acedb)
★关于线虫发育特别是化学感觉神经的研究。
http://devbio-mac1.ucsf.edu/
昆虫基因组:
★斯坦福大学的果蝇基因组中心。
http://www.fruitfly.org/
★FlyBase,果蝇胚胎发育过程中基因相互作用的WWW数据库。
http://www-biol.univ-mrs.fr/~lgpd/GIFTS_home_page.html
★哈佛大学的果蝇网页。
http://morgan.harvard.edu/
★MsqDB,蚊子基因数据库。
http://klab.agsci.colostate.edu/acedb/MsqDB-acedb.html
ftp://klab.agsci.colostate.edu
鱼类数据库:
★ 美国国家卫生署1997年建立的斑马鱼网页。
http://www.nih.gov/science/models/zebrafish/
★ ZFIN,斑马鱼基因组、发育突变和野生种系数据库。
http://zfish.uoregon.edu/ZFIN/
★ Fugu是河豚的数据库。
http://fugu.hgmp.mrc.ac.uk/
★RainMap彩虹鳟鱼基因图谱数据库。
http://locus.jouy.inra.fr/
★ 另一个鳟鱼科基因数据库在美国华盛顿州立大学：
http://www.wsu.edu:8000/~thorglab/DATA.html
啮齿动物基因组(主要是有关家鼠的数据库):
★ M.Musculus基因组库。
ftp://ncbi.nlm.mih.gov(/genbank/genomes/M_muslulus)
★ MGD,家鼠基因组库，现在又称MGI即家鼠基因组信息库。
http://www.informatics.jax.org/mgd.html
ftp://ftp.informatics.jax.org/
★ Cre转基因家鼠系的数据库。
http://www.chinainfo.gov.cn/periodical/yc/yc9903/990314html
★ RatMap,大鼠基因图谱数据库。
http://ratmap.gen.gu.se/
细胞器数据库:
主要是线粒体和叶绿体基因的数据。
★ MitoNuc
http://megasun.bch.umontreal.ca/gobase/
' target="_blank" >
http://megasun.bch.umontreal.ca/gobase/
★ MitBASE,线粒体DNA数据库，集成所有已知线粒体基因信息。
http://www3.ebi.ac.uk/Research/Mitbase/mitbase.pl/
★ 人类线粒体数据库。
www.ba.cnr.it8000/Tutorials/MitBASE/" target="_blank">www.ba.cnr.it8000/Tutorials/MitBASE/>http://bio-www.ba.cnr.it8000/Tutorials/MitBASE/
★ MitBASE Pilot,酵母线粒体中核基因数据库。
http://www3.ebi.ac.uk/Research/Mitbase/mitbase.pl/
★ 植物和藻类线粒体数据库。
http://www3.biologie.uni-ulm.de/ ... e/plant_mt_gene.gif
http://tomic.ebi.ac.uk:8889/mitb ... .pla_show_qry_opts/
★ 原生生物线粒体数据库。
www.ba.cnr.it:8000/Tutorials/MitBASE/protist_table.html" target="_blank">www.ba.cnr.it:8000/Tu>http://bio-www.ba.cnr.it:8000/Tu ... /protist_table.html
★ 脊椎动物线粒体数据库。
www.ba.cnr.it:8000/Tutorials/MitBASE/vertebrate.html" target="_blank">www.ba.cnr.it:8000/Tutorials/MitBASE/vertebrate.html>http://bio-www.ba.cnr.it:8000/Tutorials/MitBASE/vertebrate.html
拟南芥基因组:
★ MATDB,国际拟南芥基因组计划的数据汇总。
http://www.mips.biochem.mrg.de/desc/thal/
★ AtDB,拟南芥基因组数据库。
www.stanford.edu/Arabidopsis/" target="_blank">www.stanford.edu/Arabidopsis/>http://genome-www.stanford.edu/Arabidopsis/
ftp://genome-ftp.stanford.edu(/pub/arabidopsis)
★ DatA,拟南芥基因组注释库。
http://luggagefast.Stanford.edu/group/arabprotein/
★ TAIR,拟南芥信息资源。
http://www.arabidopsis.org/
★ AGR,拟南芥基因组资源。
http://synteny.nott.ac.uk/agr/agr.html
★ TIGR-AT，TIGR研究所的似南芥EST和基因序列数据库。
http://www.tigr.org/tdb/at/at.html
病毒数据库:
★ICTVdB,病毒数据库。
http://life.anu.edu.au/viruses/ICTVdB/ictvdb.html
★VIDEdB,病毒鉴定交换数据库。
http://biology.anu.edu.au/research-groups/MES/vide/
★RDV,水稻矮缩病毒基因组数据库。
http://www.cbi.pku.edu.cn/rdv/
蛋白质序列数据库:
★SWISS-PROT是对数据人工审读很严格的库。
http://www.expasy.ch/sprot/
★TrEMBL是从EMBL库中的核酸序列翻译出来的氨基酸序列，已经完成了自动注释。
http://www.ebi.ac.uk:5000
★PIR是蛋白质信息资源的缩写。
http://www-nbrf.georgetown.edu/pir/
http://www.mips.biochem.mpg.de/proj/protseqdb/
★GenBank是由GenBank中的DNA序列翻译得到的蛋白质序列，与TrEMBL相似、但没有像后者那样经专家审读。
http://www.infobiogen.fr/srs/
★PROSITE,由专家根据生物知识审编的SWISS-PROT蛋白质序列中有生物意义的位点、模式和轮廓的数据库。
http://www.expasy.ch/prosite/
★PrositeScan服务器，根据用户填表提交的蛋白质序列搜索PROSITE模式。
http://www.isrec.isb-sib.ch/software/PSTSCAN_form.html
★PSD,蛋白质序列数据库，是PIR的主体。
http://pir.georgetown.edu/pirwww/dbinfo/texpsd.html
★PATCHX,PIR的子库之一，收入尚未纳入PIR库的蛋白质序列。
http://pir.georgetown.edu/pirwww/dbinfo/patchx.html
★ARCHIVE,PIR的子库之一，保存PIR库中条目的原始文献或最初提交的序列。
http://pir.georgetown.edu/pirwww/dbinfo/achive.html
★ProClass,蛋白质类数据库，是根据PROSITE库和PIR库中超家族的关系组织起来的非冗余蛋白质库。
http://pir.georgetown.edu/gsfserver/prolclass.html
http://diana.uthct.edu/proclass.html
★PIR-ASDB,PIR的注释和相似性数据库。
http://www-nbrf.georgetown.edu/por/
★KIND,瑞典斯德哥尔摩生物信息中心维护的非冗余蛋白质序列库。
ftp://ftp.mbb.ki.se(/pub/KIND)
★ENZYME,基于命名系统的酶数据库。
http://www.expasy.ch/enzyme/
★BRENDA,这是一个内容广泛的酶的信息库。
http://www.brenda.uni-koeln.de/
★OWL,蛋白质序列库，是由SWISS-PROT，PIR，GenBank翻译序列和PDB等数据库产生的非冗余的蛋白质序列库。
http://bmbsgi11.leeds.ac.uk/bmb5dp/owl.html
★GeneCards,由以色列魏茨曼科学研究所维护的关于基因及其产物，以及它们的生物医学应用的文献库。
http://bioinfo.weizmann.ac.il/cards
★SWISS-2DPAGE,由二维聚丙烯酰胺凝胶电泳所确定的蛋白质的参考图谱数据库，包括文本和图象信息，通向其他2D-PAGE数据库的链接等。
http://www.expasy.ch/ch2d/
★HDB,组蛋白数据库，包括联配好的组蛋白序列以及已确认包含有组蛋白折叠模体的非蛋白序列，以及所有已知组蛋白和组蛋白质折叠的结构，同时指出不同数据库中类似序列的差异。
http://genome.nhgri.nih.gov/histones/
★HOBACGEN数据库，包含按家族组织的所有细菌的蛋白质序列，有助于从各种细菌选取同源家族，作多序列联配和构建亲缘树。
http://pbil.univ-lyon1.fr/databases/hobacgen.html
★MITOP,线粒体蛋白质组数据库，包括线粒体有关的基因、蛋白质和疾病信息。
http://www3.ebi.ac.uk/Research/Mitbase/mitbase.pl/
★MITOMAP,人类线粒体基因组数据库。
http://www.gen.emory.edu/mitomap.html
★REBASE,限制性内切酶和甲基化酶数据库。
http://www.neb.com/rebase
★ProtoMap,蛋白质分类数据库。
http://www.protomap.cs.huji.ac.il/
★ISSD蛋白质序列数据库。
http://www.protein.bio.msu.su/issd/
★PRF,日本蛋白质研究基金会维护着三个蛋白质和多肽数据库：PRF/LITDB文献库、PRF/SEQDB序列库及PRF/SYNDB合成产物库。
http://prfsun2.prf.or.jp/
★MEROPS,肽酶数据库。
http://www.bi.bbsrc.ac.uk/Merops/Merops.html
★PKR,蛋白激酶信息库。
http://www.sdsc.edu/Kinases/pkr/pkk_catalytic/pk_cat_list.html
★Wnt基因网页。
http://vonbaer.ana.ed.ac.uk/rnusse/wntwindow.html
★PhosphoBase,磷酸化位点数据库。
http://www.cbs.dtu.dk/databases/PhosphoBase/
★SYSTERS,蛋白质集团数据库。
http://www.dkfz-heidelberg.de/tbi/services/cluster/
★DIP蛋白质相互作用数据库
http://URLdip.doe-mbi.ucla.edu/
★DexH/D数据库。
http://www.columbia.edu/~ej67/dbhome.htm
★ Homeodomain,同源异形结构域数据库。
http://genome.nhgri.gov/homeodomain/
★InBase,新英格兰生物实验公司的蛋白质剪接数据库。
http://www.neb.com/neb/inteins.html
★LGICdb,配体门控离子通道数据库。
http://www.pasteur.fr/recherche/banques/LGIC/LGIC.html
★SENTRA,信号传递蛋白质数据库。
http://wit.mcs.anl.gov/WIT2/Sentra/
★ICN,离子通道网络，是由美国神经科学数据库中心等单位联合建立的一个内容丰富的网页。
http://pain.med.umn.edu/csn/
★Aaindex,氨基酸索引数据库。
http://www.genome.ad.jp/aaindex/
蛋白质结构和分类数据库:
★ PDB,蛋白质结构数据库。
http://www.rcsb.org/pdb/
★ RCSB,结构生物信息学信息学合作研究组织。
http://www.rcsb.org/
★PDBNEW,下一版PDB库正式发布前收到的全新或更新条目。
http://www.pdb.bnl.gov/
★ PDBFinder,在PDB、DSSP、HSSP、基础上建立的二级库，包含PDB序列、作者、R因子、分辨率、二级结构等。
http://www.sander.embl-heidelberg.de/pdbfinder/
ftp://swift/embl-heidelberg.de(/pdbfinder)
★ PDB at a Glance清单。
http://cmm.info.nih.gov/modeling/pdb_at_a_glance.html
★ PDBselect数据库。
http://swift.embl-heidelberg.de/pdbsel/
★ PDBsum是PDB库中数据的更便于阅读的总结和分析，以及一些衍生数据。
http://www.biochem.ucl.ac.uk/bsm/pdbsum/index.html
★ BioMagResBank简称BMRB，是关于多肽、蛋白质和核酸的核磁共振数据库。
http://www.bmrb.wisc.edu/
★ CSD,剑桥结构数据库。
http://www.ccdc.cam.ac.uk/prods/csd.html
★ NRL-3D,三维结构已经确定的蛋白质序列库。
http://www.gdb.org/Dan/proteins/nr13d.html
★ FAMBASE,,是每个蛋白质家族的代表序列的集合，它有助于加速同源性搜索。
http://pir.georgetown.edu/pirwww/dbinfo/fambase.html
★ ProtFam,蛋白质超家族的序列联配数据库。
http://www.mips.biochem.mpg.de/proj/protfam/protfam/
★ SCOP,蛋白质结构分类数据库。
http://www.ipc.pku.edu.cn/scop/
★ CATH,蛋白质结构与功能关系分类数据库。
http://www.biochem.ucl.ac.uk/bsm/cath/
★ PIR-ALN,蛋白质序列联配数据库。
http://www-nbrf.georgetown.edu/pir/alndb.html
★ 3Dee,蛋白质结构域定义的数据库。
http://circinus.ebi.ac.uk:8080/3Dee/
★ ProTherm,蛋白质及其变异体热力学数据库。
http://www.rtc.riken.go.jp/protherm.html
★ ASTRAL是基于SCOP数据库的一组分析蛋白质结构和蛋白质序列的数据库和工具。
http://astral.stanford.edu/
★ RESID,蛋白质翻译后修饰情况的数据库。
http://pir.georgetown.edu/pirwww/search/textresid.html
★ SMART是简单模块构架搜索工具的缩写。
http://SMART.embl-heidelberg.de/
★ PROMISE数据库。
http://bmbsgi11.leeds.ac.uk/bmbknd/promise/MAIN.html
★ MMDB蛋白质分子模型数据库。
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/
★ VAST矢量联配搜索工具。
http://swift.embl-heidelberg.de/dssp/
★ DSSP,PDB库中所有蛋白质条目的二级结构归属数据库。
http://swift.embl-heidelberg.de/dssp/
★ HSSP,按同源性导出的蛋白质二级结构数据库。
http://www.sander.embl-heidelberg.de/hssp/
★ Dali/FSSP,基于PDB数据库中现有蛋白质三维结构，用自动结构对比程序Dali逐一比较而形成的折叠单元和家族分类库。
http://www.embl-ebi.ac.ul/dali/
http://croma.ebi.ac.uk/dali/fssp/
★ 3d_ali数据库，搜集彼此相关的蛋白质序列和结构数据。
http://www.embl-heidelberg.de/argos/ali/ali.html
★ DEF蛋白质折叠类的预测数据库。
http://zeus.cs.uoi.gr/neural/biocomputing/def.html
★ INFOGENE,Sanger中心计算基因组学小组维护的、各基因组测序计划所提供的序列中已知的蛋白质和预测出的基因与蛋白质的数据库。
http://genomic.sanger.ac.uk/inf/infodb.html
★ TMBase,跨膜蛋白数据库。
ftp://ulrec3.unil.ch(/pub/tmbase)
★ PRESAGE是关于结构基因组学的一个数据库，它为库中每个蛋白质搜集了反映当前实验状况、结构、模型和研究建议的注释。
http://presage.stanford.edu/
★ SBASE,带有注释的蛋白质序列片、即蛋白质结构域的数据库，由ICGEB建立和维护。
http://www.icgeb.trieste.it/sbase/
★ InterPro,集成的蛋白质结构域和功能位点数据库。
http://www.ebi.ac.uk/interpro/
★ HITS,瑞士新近建立的一个蛋白质结构域数据库。
http://www.isrec.isb-sib.ch/cgi-bin/hits/hits_index
★ BLOCKS,蛋白质分类与同源性数据库，包含蛋白质家族中保守区域的组块多序列联配的数据。
http://www.blocks.fhcrc.org/
★ BLOCKS+数据库。
http://www.blocks.fhcrc.org/
★ PFAM高质量的蛋白质结构域家族数据库。
http://www.sanger.ac.uk/Sorfware/Wise2/
★ PRINTS数据库最近改名为PRINTS-S，这是一个蛋白质家族的指纹和模体数据库。
http://www.bioinfo.man.ac.uk/dbbrowser/PRINTS/
★ ProDom自动产生的蛋白质结构域家族数据库。
http://www.toulouse.inra.fr/prodom.html
★ DOMO,蛋白质结构域数据库。
http://www.infobiogen.fr/services/domo/
★ GRBase,这是参与基因调控的蛋白质的数据库。
http://www.access.digex.net/~regulate/
★ PMD,蛋白质突变体数据库。
http://pmd.ddbj.nig.ac.jp/
★ GLYCBASE,蛋白质糖基化位点数据库。
http://www.cbs.dtu.dk/databases/OGLYCBASE/
★ ORDB嗅觉受体蛋白质序列数据库。
http://ycmi.med.yale.edu/senselab/ordb/
★ CarbBank亦称CCSD，复杂碳水化合物结构数据库，通常与蛋白质结构数据库归在一起。
http://www.ccrc.uga.edu
★ SWISS-3DIMAGE,蛋白质三维图象和PDB浏览器。
http://www.expasy.ch/sw3d/
★ IMB,大分子三维图象库。
http://www.imb-jena.de/IMAGE.html
★ BioImage,多维生物学数据库。
http://www-embl.bioimage.org/
★ MolMovDB,耶鲁大学的生物信息学研究室维护的分子运动数据库。
http://bioinfo.mbb.yale.edu/MolMovDB/
★ ModBase,蛋白质结构模型比较数据库。
http://pipe.ruckefeller.edu/modbase/
比较基因组学和蛋白质组学数据库:
★COG直系同源聚类数据库。
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/COG/
★GeneCensus,耶鲁大学生物信息学研究室维护的各物种基因组的比较数据库，着重于折叠单元的结构对比。
http://ncbi.nlm.nih.gov/XREFdb/
★XREFdb,哺乳动物和模式生物的基因和遗传学交叉引用数据库。
http://ncbi.nlm.nih.gov/XREFdb/
★YPD,酿酒酵母蛋白质组数据库。
http://www.proteome.com/YPDhome.html
★WormPD,线虫蛋白质组学数据库。
http://www.proteome.com/YPDhome.html
基因表达数据库:
★Flyview,果蝇基因表达数据库。
http://flyview.uni-muenster.de/
★Flybrain,果蝇神经系统图谱和数据库。
http://flybrain.uni-freiburg.de/
★NEXTDB,线虫基因表达模式数据库。
http://watsom.genes.nig.ac.jp:8080/db/
★MAGEST数据库，其名字来自Maboya Gene Expression patters and Sequence Tags 短语的缩写。
http://star.scl.kyoto-u.ac.jp/magest/
★BodyMap,人类和家鼠基因表达数据库。
http://bodymap.ims.u-tokyo.ac.jp/
★Axeldb,非洲爪蟾基因表达数据库。
http://www.dkfz-heidelberg.de/abt0135/axeldb.html
★XMMR,非洲爪分子标记资源。
http://vize222.zo.utexas.edu/
★TRIPLES,酵母基因功能数据库，设在耶鲁大学医学院的基因组分析中心。
http://ygac.med.yale.edu/triples/
★MGEIR,集成的家鼠基因表达信息资源。
http://genex.hgu.mrc.ac.uk/
★GXD,家鼠基因表达数据库。
http://www.informatics.jax.org/searches/gxdindex_form.html
★EpoDB,脊椎动物红细胞生成基因表达分析数据库。
http://cbil.humgen.upenn.edu/epodb/
★KidneyDB,肾脏发育数据库。
http://www.ana.ed.ac.uk/anatomy/kidbase/kidhome.html
★ToothExp,牙齿基因表达数据库。
http://honeybee.helsinki.fi/toothexp/toothexp.html
基因组信息分析
1．基因组序列信息的提取和分析
dbEST http://www.ncbi.nlm.nih.gov/dbEST/index.html
UniGene http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entr ... arch&DB=unigene
Transcription factor databasehttp://transfac.gdb.de/TRANSFAC/)
基因组信息分析
2．功能基因组相关信息分析
NCBIhttp://www.ncbi.nlm.nih.gov/
Entrezhttp://www.ncbi.nlm.nih.gov/Entrez
OMIMhttp://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=OMIM)
蛋白质组学相关信息分析
SWISS-2DPAGE http://us.expasy.org/ch2d/
SIENA-2DPAGEhttp://www.bio-mol.unisi.it/2d/2d.html
Human 2D-PAGE Databaseshttp://proteomics.cancer.dk/
PROSITEhttp://us.expasy.org/prosite/
PRINTShttp://bioinf.man.ac.uk/dbbrowser/PRINTS/
Pfam（http:// www.sanger.ac.uk/Software/Pfam/
Blocks(http:// www.blocks.fhcrc.org/)
SWISS-PROT蛋白质序列库http://us.expasy.org/sprot/)
大分子结构模拟和药物设计生物信息分析
PDB http://www.rcsb.org/pdb/);
SCOP http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/)
CATHhttp://www.biochem.ucl.ac.uk/bsm/cath/);
SWISS-3DIMAGEhttp://us.expasy.org/sw3d/)
DSSP http://www.sander.ebi.ac.uk/dssp/)
PDBsumhttp://www.biochem.ucl.ac.uk/bsm/pdbsum/)
核酸序列的预测分析
1. 重复序列分析
CENSORhttp://www.girinst.org/
RepeatMaskerhttp://ftp.genome.washington.edu/cgi-bin/RepeatMasker
XBLAST程序http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/
核酸序列的预测分析
2. 数据库搜索
NCBI的BLASThttp://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/
3. 编码区统计特性分析:
GRAILhttp://compbio.ornl.gov/Grail-1.3/
GenMARKwww.genmarkag.com/
tRNAscan-SEhttp://www.genetics.wustl.edu/eddy/tRNAscan-SE/
GENSCANhttp://genes.mit.edu/GENSCAN.html
蛋白质结构和功能的预测分析
预测蛋白质的物理性质
ExPASyhttp://www.expasy.ch/tools/
PROPSEARCHhttp://www.embl-heidelberg.de/prs.htm
SAPShttp://www.isrec.isb-sib.ch/software/SAPS_form.html
蛋白质结构和功能的预测分析
蛋白质二级结构预测 :
NnPredicthttp://www.cmpharm.ucsf.edu/~nomi/nnpredict.html
PredictProtein（国内镜像）：http://www.cbi.pku.edu.cn/predictprotein/
Tmpred http://www.ch.embnet.org/software/TMPRED_form.html
SignalPhttp://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/
蛋白质结构和功能的预测分析
蛋白质三维结构预测 :
SWISS-MODELhttp://www.expasy.ch/swissmod/SWISS-MODEL.html
PSI-BLAST http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/
家畜和家禽:
★ChickGBASE鸡基因图谱计划，搜集全世界鸡基因图谱信息。
http://www.ri.bbsrc.ac.uk/chickmap/chickgbase/manager.html
★Swimemap猪基因图谱计划，饮食店染色体图谱和标记。
http://sol.marc.usda.gov/genome/swine/swine.html
★PiGBASE,猪基因图谱信息库。
http://www.ri.bbsrc.ac.uk/pigmap/arkpig/
★SheepBase已发表的绵羊基因位点数据库。
http://dirk.invermay.cri.nz/
★Goatmap,山羊基因图谱数据库。
http://locus.jouy.inra.fr/
★HorseMap马基因图谱数据库。
http://locus.jouy.inra.fr/
★Bovmap法国的牛基因图谱数据库。
http://locus.jouy.inra.fr/cgi-bin/bovmap/intro.pl
★BovBase英国的牛基因图谱数据库。
http://www.ri.bbsrc.ac.uk/bovmap/arkbov/
★BovGBASE美国农业部的家畜基因组图谱计划中的牛基因数据库。
http://probe.nalusda.gov:8000/animal/aboutbovgbase.html
★Buffmap水牛基因图谱数据库。
http://locus.jouy.inra.fr/
★DogMap狗基因图谱数据库。
http://ubeclu.unibe.ch/itz/dogmap.html
★CatMap猫基因图谱数据库。
http://www.ri.bbsrc.ac.uk/catmap/ark/
生物医学文献数据库
★MEDLINE是美国国家医学图书馆的文献摘要库，反映美国及其他国家3800多种医学和生物期刊的作者摘要和引用情况。
http://www.nlm.nih.gov/dtabases/medline.html
★最为方便的查询MEDLINE的方式，是通过NCBI的PubMed服务：
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/PubMed/
★SeqAnalRef这是由A.Bairoch个人维护的有关序列分析的文献目录。
http://www.espasy.ch/seqanalref/
★SCI是设在美国费城的科学信息研究所所提供的文献引用情况的检索服务。
http://webofscience.com/
★CancerWeb癌症网页：
http://www.graylab.ac.uk/cancerweb.html
★HUMAT人体解剖学数据库。
http://ed.ac.uk/anatomy/database/humat/
★KeyNet按生物序列功能组织的基因和蛋白质名称关键字库。
http://www.ba.cnr.it/keynet.html/
★BioABACUS生物学与生物技术以及计算机科学缩写字表。
http://www.nmsu.edu/~molbio/bioABACUShome.html
其他数据库:
★ Taxonomy分类学数据库。
http://www3.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/tax.html
★ ETI世界生物多样性数据库设在荷兰的分类鉴定专家中心。
http://www.eti.uva.nl/
★ 位于美国麻省的Woods Hole海洋生物研究室有一个海洋动物数据库。
http://www.mbl.edu/
★ TAED适应性演化数据库。
http://www.sbc.su.se/~liberles/TAED.html
★Integrated Database Retrieval Systems
★Entrez
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Entrez/default.htm
★Sequence Retrieval System (SRS)
http://www.seqnet.dl.ac.uk/srs/srsc
★The Institute for Genomic Research (TIGR), Human Gene Index (HGI) Sequence Search
4-1-2-DDPDE/USA
http://www.tigr.org/tdb/hgi/searching/hgi_seq_search.html
Search for nucleotides and peptides.
★TIGR HGI Reports
3-1-2-DDcW/USA
http://www.tigr.org/tdb/hgi/searching/hgi_info.html
Retrieve sequences identified by EST ID, GenBank number etc.
★TIGR HGI Gene Expression Data
4-2-1-DDcW/USA
http://www.tigr.org/tdb/hgi/searching/hgi_xpress_search.html
Search for tissue specific transcripts e.g. "lung". cDNA libraries can also be searched.
★TIGR HGI Name Search
5-1-2-DDW/USA
http://www.tigr.org/tdb/hgi/searching/hgi_name_search.html
Search for a sequence by the name of a gene product e.g. insulin.
★Genome Database (GDB)
http://hgmp.mrc.ac.uk/gdb or http://gdbwww.gdb.org/default.htm
Funding for this project has been withdrawn. This valuable database will remain online, but it should be noted that no new entries will be recorded after 31st July 1998.
序列列线
★Analysis and Annotation Tool for Finding Genes in Genomic Sequences
5-3-2-DcDPDFWE/USA
http://genome.cs.mtu.edu/aat.html
Identifies genes in a DNA sequence by comparing it to cDNA and protein sequence databases (including those at HGI, TIGR, dbEST, Swiss-Prot and nr).
★Pairwise Sequence Alignment
3-4-2-DcUPUFWE/USA
http://genome.cs.mtu.edu/align/align.html
Computes the global alignment between two sequences. Compare DNA with DNA, cDNA or protein. For DNA and cDNA, settings (gap open penalty, gap extension etc.) can be defined.
★Multiple Sequence Alignemnt with MAP
4-3-2-DcUPUFWE/USA
http://genome.cs.mtu.edu/map/map.html
Calculates the global alignment of DNA or protein sequences using an algorithm which computes the best overlapping alignment without penalising terminal gaps. Long internal gaps in short sequences are not penalised.
★Network Protein Sequence Analysis
5-4-1-PUW/France
http://pbil.ibcp.fr/NPSA/npsa_clustalw.html
ClustalW multiple sequence alignment.
★ALIGN
5-1-1-DUPUWE/France
http://www2.igh.cnrs.fr/bin/align-guess.cgi or http://genome.eerie.fr/fasta/align-query.html
Applies the BLOSUM50 matrix to deduce the optimal alignment between two sequences.
★Multiple Sequence Alignment with Hierarchial Clustering
5-5-3-PUW/France
http://www.toulouse.inra.fr/multalin.html
Sequence alignment with a colour output where differing or similar amino acids in the alignment can be highlighted.
★Colour INteractive Editor for Multiple Alignments (CINEMA)
http://www.biochem.ucl.ac.uk/bsm/dbbrowser/CINEMA2.1/default.htm
A comprehensive and popular site. Allows the user to visualise and manipulate aligned protein sequences.
Makes use of Java. I recommend you access this site from a fast workstation!
★VSNS BioComputing Division Multiple Alignment Resource Page
http://www.techfak.uni-bielefeld.de/bcd/Curric/MulAli/default.htm
An excellent, comprehensive resource for multiple sequence alignment, software and tutorials.
新序列发送:
★EMBL
http://www.ebi.ac.uk/subs/emblsubs.html
★BankIt (GenBank)
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/default.htm |
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发表于 2011-3-1 14:52:28
发表于 2011-3-1 15:40:11
