invhess(BioPhysConnectoR)
invhess()所属R语言包：BioPhysConnectoR
Compute the Covariance Matrix / Inverse Hessian Matrix
计算协方差矩阵/ Hessian矩阵的逆
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Computes the inverse Hessian matrix. The covariance matrix is computed as a pseudo-inverse derived from the eigenvalues and eigenvectors by a singular value decomposition (get.svd()) of the Hessian matrix. Otherwise, if neither the Hessian matrix nor the eigenvalues need to be stored, the inverse Hessian can directly be computed from the contact, interaction and distance matrices.
计算Hessian矩阵的逆。计算协方差矩阵伪逆的奇异值分解（get.svd()）的Hessian矩阵的特征值和特征向量来自。否则，如果既没有Hessian矩阵，也不需要存储特征值，逆Hessian矩阵可以直接计算从接触，相互作用和距离矩阵。
用法----------Usage----------
build.invhess(svd_obj, singularity = 6)
get.cov(cm, im, deltas)
参数----------Arguments----------
参数：svd_obj
svd object computed by get.svd() containing the eigenvector matrices, the eigenvalues and the index vector
SVD计算的对象get.svd()包含的特征向量矩阵的特征值和索引向量
参数：singularity
number of eigenvalues equal/close to zero due to symmetries
数的特征值等于/接近于零，由于对称性
参数：cm
contact map for a protein
联系方式电子图的一种蛋白质
参数：im
matrix of interaction strengths between the amino acids of the protein
的蛋白质的氨基酸之间的相互作用强度矩阵
参数：deltas
difference matrices (x, y, z, squared) for all pairs of C_{α} atoms as derived from build.contacts()
的差异矩阵（X，Y，Z）的平方C_{α}原子对所有，从build.contacts()衍生
Details
详细信息----------Details----------
The calculation of the matrix omits by default the first six eigenvalues, because of translational and rotational symmetry in the model. The computation depends on the eigenvalues and -vectors. The number of eigenvalues to omit in the calculation can be specified by singularity. If the number of eigenvalues equalling zero is unknown and should be determined, the parameter singularity can be set to <PRE>NULL</PRE>. The threshold for zero is set to 10^{-8}.
矩阵的计算忽略了默认情况下，前6个特征值，因为在模型中的平移和旋转对称。取决于上的特征值和特征矢量的计算。可以指定singularity的数量的特征值，在计算中省略。如果等于零的数量的特征值是未知的，应确定参数singularity可以设置为<PRE> NULL </ PRE>。零的阈值设置为10^{-8}。
值----------Value----------
Return value is the covariance matrix (also called inverse Hessian matrix).
返回值的协方差矩阵（也称为逆Hessian矩阵）。
（作者）----------Author(s)----------
Franziska Hoffgaard
参考文献----------References----------
Hamacher (2006) Journal of Chemical Theory and Computation 2, 873–878.
参见----------See Also----------
build.hess, get.svd
build.hess，get.svd
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发表于 2012-9-15 20:28:09
