R中的ape包做进化分析，预测祖先结点的基因成分

liuyanbo0512 · 发表于 2012-6-27 09:46:10

本帖最后由 liuyanbo0512 于 2012-6-27 09:50 编辑

每次都是现学现用，虽然对这种做科研项目的方式很无语，但对个人来说还是能接触点有用的东西的。
接到一个用R的ape包做进化分析的任务，从开始读文献，读文档，到最后山寨出结果。觉得ape真的还是不错的工具，膜拜一下。
不过，ape包挺大的，还在学习中。
功能（我用到的）：1.读取/存储各种文件（序列文件，进化树文件，比对文件。。。）
2.分析：计算距离矩阵，构建进化树，比对，计算GC含量，树文件的比较和调整。。。
3.各种文件的判断

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ace：用来估计祖先结点的基因成分（特定基因的有无，基因组大小）。具体见文档。

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有对ape了解的希望能分享一下，谢谢！！！

biostar · 发表于 2012-7-3 00:12:43

好东西，学习一下，我喜欢！

biostar · 发表于 2012-7-3 00:18:22

这些好像都用到了ape包，
http://www.biostatistic.net/thread-9499-1-1.html
http://www.biostatistic.net/thread-9493-1-1.html
http://www.biostatistic.net/thread-9494-1-1.html
http://www.biostatistic.net/thread-9492-1-1.html

liuyanbo0512 · 发表于 2012-7-4 23:14:22

biostar 发表于 2012-7-3 00:18
这些好像都用到了ape包，
http://www.biostatistic.net/thread-9499-1-1.html
http://www.biostatistic.n ...

恩，谢谢! 今天上来看到主页整洁了很多，赞一个！{:soso_e179:}

redblast · 发表于 2012-7-22 18:59:35

前天开始学习

lvyi984108 · 发表于 2012-12-27 09:53:10

还不知道这个包，看来R确实强大无比

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