R语言 yaqcaffy包 reprodPlot()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

reprodPlot(yaqcaffy)
reprodPlot()所属R语言包：yaqcaffy

                                        Plot human whole genome GeneChips reproductibility
                                         图人类全基因组基因芯片可再生性，

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Compares Affymetrix Human Genome U133 Plus 2.0 Arrays to a subset  of the MAQC arrays for a RNA reference.
Affymetrix公司的人类基因组U133加2.0阵列比较为RNA参考MAQC数组的一个子集。


用法----------Usage----------


                  normalize=c("rma","gcrma","mas5","none"),
                  main="MAQC reference reproducibility",



参数----------Arguments----------

参数：userAffyBatchObject
a set of Human Genomue U133 Plus 2.0 arrays  provided as an AffBatch object,
的人力Genomue U133加2.0阵列提供作为AffBatch对象，


参数：ref
a string ("refA", "refB", "refC", or "refD") defining the RNA  reference to compare the userAffyBatchObject to,
定义RNA参考比较userAffyBatchObject到一个字符串（“REFA”，“REFB”，的“refC”，或“refD”），


参数：normalize
a string defining the algorithm used for data normalization:   rma (default) for RMA (as imlplemented in the affy library),  gcrma for GCRMA (as imlplemented in the gcrma library),   mas5 for MAS5 (as imlplemented in the affy library)  or 'none' for no normalization,
一个字符串，定义用于数据规范化算法：rma（默认）为RMA（affy库imlplemented），gcrma为GCRMA（gcrmaimlplemented。库），mas5MAS5（affy库imlplemented）或“无”没有标准化，


参数：main
an overall title for the plot,
图的总冠军，


参数：cex
size of text on the plot,
图上的文字大小，


参数：...
other arguments.
其他参数。


Details

详情----------Details----------

The plot shows all the pairwise scatterplots (plotted with  graphics)'s smoothScatter function)   with Pearson's correlation factor and MAplots (plotted with  affy's ma.plot function). The subset of the MAQC arrays are 1 randomly chosen .CEL file out  of the 5 replicates for the 6 different test site.
图中显示了所有成对“与Pearson相关系数和MAplots（绘制graphics的smoothScatter功能）的affy函数）的散点图（用ma.plot绘制）。的MAQC阵列的子集是随机选择。为CEL文件的5复制6种不同的测试网站。


值----------Value----------

Outputs a graph on the available graphical device
可用的图形设备上输出图形


作者（S）----------Author(s)----------


Laurent Gatto



举例----------Examples----------


## Not run: [＃无法运行：]
   ## loading data[＃加载数据]
   library(MAQCsubsetAFX)
   data(refB)
   d<-refB[,1]
   ## testing the reproductibility against ref A[＃测试的可再生性，对文献一]
   reprodPlot(d,"refA",normalize="rma")

## End(Not run)[＃结束（不运行）]

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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。