R语言 xmapbridge包 xmap.files()函数中文帮助文档(中英文对照)

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xmap.files(xmapbridge)
xmap.files()所属R语言包：xmapbridge

                                          Underlying xmap methods for manipulating projects, graphs, and plots
                                         基本操作项目，图表和图形XMAP方法

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

These methods are used to control xmap.projects, xmap.graphs and xmap.plots
使用这些方法来控制xmap.projects，xmap.graphs和xmap.plots

A project contains one or more graphs, and a graph can contain one or more plots (each plot can have a different style)
项目包含一个或多个图形和图表可以包含一个或多个小区（每个小区都可以有不同的风格）

A simpler method to generate X:Map graphs is to use the xmap.plot and xmap.points methods.
一个简单的方法来产生X：图图，使用xmap.plot和xmap.points方法。

The xmap.debug method was introduced as otherwise the vignette would not print out id values as it was supposed to.  For some reason Sweave ignores the show and as.character methods being overridden, and simply does its own thing.
否则的小插曲不会打印出来的id值，因为它是应该推出的xmap.debug方法。出于某种原因，Sweave忽略了表演和被覆盖as.character方法，只是做自己的事。


用法----------Usage----------



  xmap.debug( idobject, newlines=FALSE )

  xmap.project.new( name )
  xmap.project.list()
  xmap.project.load( projectid )
  xmap.project.save( projectid, data )
  xmap.project.delete( projectid )

  xmap.graph.new( projectid, name, desc, min, max, chr, start, stop, ylab="value",
                  species=c("homo_sapiens", "mus_musculus", "rattus_norvegicus") )
  xmap.graph.list( projectid )
  xmap.graph.load( graphid )
  xmap.graph.save( graphid, data )
  xmap.graph.delete( graphid )

  xmap.plot.new( graphid, name, x, y,
                 type=c("scatter", "line", "bar", "step", "area", "steparea"),
                 col = NULL, dp = 2 )
  xmap.plot.list( graphid )
  xmap.plot.load( plotid )
  xmap.plot.save( plotid, data, x, y, dp = 2 )
  xmap.plot.delete( plotid )




参数----------Arguments----------

参数：idobject
An id object for an xmapbridge project, graph or plot  
一个ID对象为xmapbridge项目，图形或图


参数：newlines
Should the resultant string be nicely formatyted with newline characters?  
结果字符串应该很好formatyted换行符？


参数：name
The name for this object (stored in the NAME variable of the list returned by load)  
此对象的名称（由负载返回的列表的名称变量中）


参数：projectid
The projectid (returned by xmap.project.new and as a list from xmap.project.list)  
“projectid（由xmap.project.new返回和从xmap.project.list列表）


参数：data
This is a list object for this particular object type  
这是这个特定的对象类型的列表对象


参数：desc
The description for this item  
这个项目的说明


参数：min
The minimum y value for the graph  
图的最小y值


参数：max
The maximum y value for the graph  
图的最大y值


参数：chr
A string representing the chromosome this graph is to be drawn on  
要绘制一个字符串，表示染色体图


参数：start
The BP that this graph should start on  
这个图应该开始的BP


参数：stop
The BP that this graph reaches until.  Must be greater than start  
此图达到之前的BP。必须比开始大


参数：ylab
The label for the yaxis of this graph  
这个图表的Y轴的标签


参数：species
The species that this graph is to be drawn on  
，这个图是要绘制的物种


参数：graphid
The graphid returned by xmap.graph.new or xmap.graph.list  
由xmap.graph.new或xmap.graph.list返回的graphid


参数：type
The type of graph you wish to draw  
你想画的图表类型


参数：col
The colour of the graph defined as an integer in the format 0xAARRGGBB.  See xmap.col  
图形的颜色定义为0xAARRGGBB格式的整数。看到xmap.col


参数：x
The points for the x-axis of this plot.  These points must be offsets from the start of the graph, and not their actual chromosomal location  
这个图的X-轴点。这些点必须从图开始偏移，而不是其实际的染色体定位


参数：y
The points for the y-axis of this plot.  Points where min>y or y >max will not be displayed  
这个图的Y轴点。分> Y或y>最大将不显示点


参数：dp
The number of decimal places you want to save for the y-coordinates  
你要保存的y坐标的小数位数


参数：plotid
The plotid which is returned by xmap.plot.new or xmap.plot.list  
的这是由xmap.plot.new或xmap.plot.list返回plotid


值----------Value----------

xmap.graph.new returns the graphid of the created graph xmap.graph.list returns a vector of all graphs contained within the given project xmap.graph.load returns a list containing the parameters for the given graph xmap.graph.save
xmap.graph.new返回的graphid返回创建图表xmap.graph.list的载图的矢量，在给定的的项目xmap.graph.load返回一个列表，其中包含的参数为图xmap.graph.save的


作者（S）----------Author(s)----------


Tim Yates



参见----------See Also----------

xmap.plot<br> xmap.points<br> xmap.col<br> http://xmap.picr.man.ac.uk
xmap.plot参考xmap.points参考xmap.col参考http://xmap.picr.man.ac.uk


举例----------Examples----------


  
  # Create a new project[创建一个新项目]
  projectid <- xmap.project.new( "A quick project" )

  # Create a graph in this project covering 100K bases on chromosome 1[在这个项目中创建一个覆盖100K碱基1号染色体上的图形]
  graphid <- xmap.graph.new( projectid, "A quick graph", "This is a quick graph",
                            -10, 10, "1", 5000, 105000, species="homo_sapiens" )

  # Make our datasets[使我们的数据集]
  x <- seq( 1000, 100000, by = 1000 )
  y <- runif( length( x ), -10, 10 )

  # Then add a plot to this graph[然后添加一个图此图]
  xmap.plot.new( graphid, "Graph 1", x, y, type="area", col=0xAAFFEE00 )

  # And another one, in a different colour  [和另外一个，在不同的颜色]
  a <- xmap.plot.new( graphid, "Graph 2", x, y, type="scatter", col=0xAA0000FF )
  
  cat( xmap.debug( a, newlines=TRUE ) )

  # At this point, we should be able to see the graphs using the XMapBridge application[在这一点上，我们应该能够看到图表使用XMapBridge应用程序]

  # Clean up our project file...[我们的项目文件清理...]
  xmap.project.delete( projectid )
  

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