R语言 XDE包 calculatePosteriorAvg()函数中文帮助文档(中英文对照)

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calculatePosteriorAvg(XDE)
calculatePosteriorAvg()所属R语言包：XDE

                                        Calculate the posterior average for indicators of concordant and
                                         一致指标的计算后的平均

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function calculates the posterior average for indicators of concordant and discordant differential expression from the saved log files. See details.  
此函数计算后平均指标从保存的log文件的和谐与不和谐的差异表达。查看详情。


用法----------Usage----------


calculatePosteriorAvg(object, NCONC=2, NDIFF=1, burnin=0)



参数----------Arguments----------

参数：object
Object of class XdeMcmc
对象类XdeMcmc


参数：NCONC
Integer: number of studies for which the gene must be differentially expressed (in the same direction) to be classified as concordant differential expression
整数：必须差异表达基因的研究（在同一方向）被列为一致的差异表达


参数：NDIFF
Integer: number of studies for which a gene must be up- or down-regulated to be classified as differentially expressed. It is the union of concordant and discordant differential expression.
整数：多项研究，其中一个基因必须向上或下调归类差异表达。这是工会的和谐与不和谐的差异表达。


参数：burnin
Integer: number of MCMC iterations for the burnin. Posterior means are computed from the MCMC samples following burnin.
整数：燃尽的MCMC迭代的数量。后手段后，燃尽的MCMC样本计算。


Details

详情----------Details----------

For each iteration,
对于每次迭代，

1.  calculate the sign of delta * Delta
1。计算DeltaDelta的标志

2.  For each gene, compute the number of positive signs (P) and the number of negative signs (N) (a G x 2 matrix, where G is the number of genes in common across all studies).  P + N is <= S, where S is the number of studies.
2。对于每一个基因，计算出一些积极的迹象（P）和负极标志数（N）（一个G×2矩阵，其中G是一些共同的基因在所有的研究）。 P + N <= S，其中S是多项研究。

3.  for a given gene, the discordant indicator is simply when P * N is nonzero.
3。对于一个给定的基因，不和谐的指标仅仅是当P * N为非零。

4.  The concordant indicator requires P * N = 0 AND P + N >= NCONC, where NCONC is specified by the user.
4。一致的指标要求，p * n = 0和p +信噪比> = NCONC，NCONC由用户指定。

5.  differential expression is simply   | P | + | N |  >= NDIFF.  By default, NDIFF is 1 but can be user-specified.
5。差异表达的仅仅是| P | + |暂无|> = NDIFF。默认情况下，NDIFF是1，但可以用户指定。

The posterior average is then computed from the mean over all MCMC iterations.
然后从平均超过所有的MCMC迭代计算后平均。


值----------Value----------

A G x 3 matrix.
一个G x 3矩阵。


作者（S）----------Author(s)----------


RS



参见----------See Also----------

posteriorAvg
posteriorAvg

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