xcmsRaw(xcms)
xcmsRaw()所属R语言包：xcms
Constructor for xcmsRaw objects which reads NetCDF/mzXML files
xcmsRaw对象的构造读取NetCDF的/ mzXML文件
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
This function handles the task of reading a NetCDF/mzXML file containing LC/MS or GC/MS data into a new xcmsRaw object. It also transforms the data into profile (maxrix) mode for efficient plotting and data exploration.
这个函数处理阅读NetCDF的/ mzXML LC / MS或GC / MS数据文件包含到一个新的xcmsRaw对象的任务。它还转换成简介（maxrix）模式的高效绘图和数据探索数据。
用法----------Usage----------
xcmsRaw(filename, profstep = 1, profmethod = "bin", profparam =
list(), includeMSn=FALSE, mslevel=NULL)
deepCopy(object)
参数----------Arguments----------
参数：filename
path name of the NetCDF or mzXML file to read
路径NetCDF或mzXML的名称文件读取
参数：profstep
step size (in m/z) to use for profile generation
步长（m / z为）使用个人资料的代
参数：profmethod
method to use for profile generation
方法使用个人资料的代
参数：profparam
extra parameters to use for profile generation
额外的参数，使用个人资料的代
参数：includeMSn
only for XML file formats: also read MS$^n$ (Tandem-MS of Ion-/Orbi- Trap spectra)
只为XML文件格式：阅读MS $ ^ N $（串联质谱Ion-/Orbi-陷阱光谱）
参数：mslevel
move data from mslevel into normal MS1 slots, e.g. for peak picking and visualisation
移动到正常MS1的插槽数据从mslevel，例如：高峰采摘和可视化
参数：object
An xcmsRaw object
一个xcmsRaw对象
Details
详情----------Details----------
If profstep is set to 0, no profile matrix is generated. Unless includeMSn=TRUE only first level MS data is read, not MS/MS, etc.)
如果profstep设置为0，没有配置文件的生成矩阵。除非includeMSn = TRUE，只有第一级质谱数据被读取，而不是MS / MS等）
deepCopy(xraw) will create a copy of the xcmsRaw object with its own copy of mz and intensity data in xraw@env
@包膜xraw MZ和强度数据的副本，deepCopy（xraw）将创建与一份的xcmsRaw对象
值----------Value----------
A xcmsRaw object.
一个xcmsRaw对象。
作者（S）----------Author(s)----------
Colin A. Smith, <a href="mailto:csmith@scripps.edu">csmith@scripps.edu</a>
参考文献----------References----------
http://my.unidata.ucar.edu/content/software/netcdf/ http://www.astm.org/Standards/E2077.htm http://www.astm.org/Standards/E2078.htm
http://sashimi.sourceforge.net/software_glossolalia.html
http://www.psidev.info/index.php?q=node/80
http://tools.proteomecenter.org/wiki/index.php?title=Software:RAMP
参见----------See Also----------
xcmsRaw-class, profStep, profMethod xcmsFragments
xcmsRaw-class，profStep，profMethodxcmsFragments
举例----------Examples----------
## Not run: [＃无法运行：]
library(xcms)
library(faahKO)
cdfpath <- system.file("cdf", package = "faahKO")
cdffiles <- list.files(cdfpath, recursive = TRUE, full.names = TRUE)
xr<-xcmsRaw(cdffiles[1])
xr
##This gives some information about the file[＃这使有关文件的一些信息]
names(attributes(xr))
## Lets have a look at the structure of the object[＃让我们在看对象的结构]
str(xr)
##same but with a preview of each slot in the object[＃相同，但对象中的每个插槽预览]
##SO... lets have a look at how this works[＃所以...让我们看看这是如何工作的]
head(xr@scanindex)
#[1] 0 429 860 1291 1718 2140[[1] 0 429 860 1291 1718 2140]
xr@env$mz[425:430]
#[1] 596.3 597.0 597.3 598.1 599.3 200.1[[1] 596.3 597.0 597.3 598.1 599.3 200.1]
##We can see that the 429 index is the last mz of scan 1 therefore... [＃我们可以看到，429指数是扫描1，因此最后MZ ...]
mz.scan1<-xr@env$mz[(1+xr@scanindex[1]):xr@scanindex[2]]
intensity.scan1<-xr@env$intensity[(1+xr@scanindex[1]):xr@scanindex[2]]
plot(mz.scan1, intensity.scan1, type="h", main=paste("Scan 1 of file", basename(cdffiles[1]), sep=""))
##the easier way :p[＃更简单的方法：P]
scan1<-getScan(xr, 1)
head(scan1)
plotScan(xr, 1)
## End(Not run)[＃结束（不运行）]
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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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发表于 2012-2-26 16:11:37
