group.nearest(xcms)
group.nearest()所属R语言包:xcms
Group peaks from different samples together
从不同样品组峰
译者:生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Group peaks together across samples by creating a master peak list and assigning corresponding peaks from all samples. It is inspired by the alignment algorithm of mzMine. For further details check http://mzmine.sourceforge.net/ and
集团高峰集中到一起创建一个主峰值名单和分配相应的山峰,从所有样品的样品。它的灵感由mzMine对齐算法。对于进一步的细节检查http://mzmine.sourceforge.net/
Katajamaa M, Miettinen J, Oresic M: MZmine: Toolbox for processing and visualization of mass spectrometry based molecular profile data. Bioinformatics (Oxford, England) 2006, 22:634?636.
katajamaa男,Miettinen J,Oresic中号:MZmine:处理工具箱和可视化质谱分子的个人资料数据。生物信息学(牛津,英国)2006年,22:634?636。
Currently, there is no equivalent to minfrac or minsamp.
目前,有相当于minfrac或minsamp。
参数----------Arguments----------
参数:object
the xcmsSet object
xcmsSet对象
参数:mzVsRTbalance
Multiplicator for mz value before calculating the (euclidean) distance between two peaks.
乘数为MZ前两峰之间的距离(欧几里得)计算价值。
参数:mzCheck
Maximum tolerated distance for mz.
最大耐受距离为MZ。
参数:rtCheck
Maximum tolerated distance for RT.
最大耐受距离为RT。
参数:kNN
Number of nearest Neighbours to check
最近的邻居的数量检查
值----------Value----------
An xcmsSet object with peak group assignments and statistics.
xcmsSet峰集团分配和统计对象。
方法----------Methods----------
group(object, mzVsRTbalance=10, mzCheck=0.2, rtCheck=15, kNN=10)
group(object, mzVsRTbalance=10, mzCheck=0.2, rtCheck=15, kNN=10)
参见----------See Also----------
xcmsSet-class, group.density and group.mzClust
xcmsSet-class,group.density和group.mzClust
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注:
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