R语言 xcms包 findneutral()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

findneutral(xcms)
findneutral()所属R语言包：xcms

                                        Find neutral losses in xcmsFragment objects
                                         找到中性xcmsFragment对象损失

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This is a method to find a neutral loss with a ppm window in a xcmsFragment object
这是一个方法，找到与中性丢失了PPM窗口在xcmsFragment对象


用法----------Usage----------


findneutral(object, find, ppmE=25, print=TRUE)



参数----------Arguments----------

参数：object
xcmsFragment object type
xcmsFragment对象类型


参数：find
The neutral loss to be found
被发现的中性丢失


参数：ppmE
the ppm error window for searching
搜索ppm误差窗口


参数：print
If we should print a nice little report
如果我们要打印一个可爱的小报告


Details

详情----------Details----------

The method searches for a given neutral loss in an xcmsFragment object type given a certain ppm error window. The neutral losses are generated between neighbouring ions. The resulting data frame shows the whole scan in which the neutral loss was found.
对于一个给定于中立的损失给予一定的ppm误差窗口xcmsFragment对象类型的方法搜索。相邻离子生成中性的损失。由此产生的数据框显示整个中性丢失扫描中被发现。


值----------Value----------

A data frame with the following columns:
与下面的列的数据框：


参数：PrecursorMz
The precursor m/z of the neutral losses
易制毒化学中性损失的m / z


参数：MSnParentPeakID
An index ID of the location of the precursor peak in the xcmsFragment object
易制毒化学峰的位置在xcmsFragment对象的索引ID


参数：msLevel
The level of the found fragment ion
对发现的碎片离子水平


参数：rt
the Retention time of the found ion
发现离子的保留时间


参数：mz
the actual m/z of the found fragment ion
实际发现的碎片离子的m / z


参数：intensity
The intensity of the fragment ion
碎片离子强度


参数：sample
Which sample the fragment ion came from
碎片离子来自哪个样本


参数：GroupPeakMSn
an ID if the peaks were grouped by an xcmsSet grouping
峰由xcmsSet分组分组的ID


参数：CollisionEnergy
The collision energy of the precursor scan
碰撞能量对易制毒化学扫描


作者（S）----------Author(s)----------


H. Paul Benton, <a href="mailto:hpbenton@scripps.edu">hpbenton@scripps.edu</a>



参考文献----------References----------

Analytical Chemistry 2008

参见----------See Also----------

findMZ,
findMZ


举例----------Examples----------


        ## Not run: [＃无法运行：]
        library(msdata)
        mzdatapath <- system.file("iontrap", package = "msdata")
        mzdatafiles<-list.files(mzdatapath, pattern = "extracted.mzData", recursive = TRUE, full.names = TRUE)
        xs <- xcmsSet(mzdatafiles, method = "MS1")
        ##takes only one file from the file set[＃只需要一个文件的文件集]
        xfrag <- xcmsFragments(xs)
        found<-findneutral(xfrag, 58.1455, 50)
       
## End(Not run)[＃结束（不运行）]
       

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