vsnh(vsn)
vsnh()所属R语言包：vsn
A function that transforms a matrix of microarray intensities.
转换芯片强度矩阵函数。
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
A function that transforms a matrix of microarray intensities. This function works in conjunction with vsn. vsn and vsnh have been superseded by vsn2 and the predict method for vsn objects. The functions vsn and vsnh remain in the package for backward compatibility,
转换芯片强度矩阵函数。此功能与vsn一起。 vsn和vsnh已vsn2和predictvsn对象的方法所取代。职能vsn和vsnh保持向后兼容包，
用法----------Usage----------
vsnh(y, p, strata)
参数----------Arguments----------
参数：y
A numeric matrix containing intensity values from an array experiment. It may contain NA values.
一个数字矩阵，包含从阵列实验的强度值。它可能包含NA值。
参数：p
An array with the transformation parameters. If strata is specified, it must be a 3d array, dim(p)[1] must be greater than or equal to the maximum of strata, dim(p)[2] must be ncol(y), and dim(p)[3] must be 2. If strata is missing, then the first dimension may be omitted. NA values are not allowed. See Details.
转换参数的数组。如果strata被指定，它必须是一个三维数组，暗淡（P）[1]必须大于或等于strata，暗淡（P）[2]最大必须NCOL（ y）和暗淡（P）[3]必须是2。 strata如果缺少，则可以省略第一维。无值是不允许的。查看详细信息。
参数：strata
Integer vector of length nrow(y). See vsn for details.
整数长度NROW矢量（Y）。看到vsn详情。
Details
详情----------Details----------
The transformation is:
转变是：
vsnh(y, p, s)[k, i] = asinh( p[s[k], i, 1] + p[s[k], i, 2] * y[k, i] ) - log(2*p[s[1], 1, 2])
vsnh（Y，P，S）[K] = ASINH（P [S [K]，I，1] + P [S [K]，我2] * Y [K]） - log（ 2 * P [[1]，1，2]）
where k=1:nrow(y) counts over the probes, i=1:ncol(y) counts over the samples, p[s[k], i, 1] is the calibration offset for stratum s[k] in sample i, p[s[k], i, 2] is the calibration factor for stratum s[k] in sample i, and s[k] is the stratum of the the k-th probe.
其中k = 1：NROW（y）的数量超过探针，I = 1：NCOL（Y）对样品的计数，P [[K]，我，1]是为地层小号偏移校准[K]样品我带够[[K]，I，2]是为小号地层校正因子[K]样品中，我和S [K] k个探针的阶层。
The constant offset - log(2*p[s[1], 1, 2]) is there to make sure that for large y, vsnh(y) for the first stratum on the first chip is approximately the same as log(y). This has no effect on the generalized log-ratios (glog-ratios), which are differences between transformed intensities, but some users are more comfortable with the absolute values that are obtained this way, since they are more comparable to the log scale.
恒定的偏移 - 记录（2 * P [第[1]，1，2]）是确保大Y，vsnh（Y）的第一个芯片上的第一层是大约相同（Y作为log）。这有广义log比（glog比率），这是转化强度之间的差异没有影响，但一些用户更舒适的是这种方式获得，因为他们是更具有可比性的log规模的绝对值。
值----------Value----------
A numeric matrix of the same size as y, with the transformed data.
一个为y同样大小的数字矩阵，转换后的数据。
作者（S）----------Author(s)----------
Wolfgang Huber
参考文献----------References----------
calibration and to the quantification of differential expression, Wolfgang Huber, Anja von Heydebreck, Holger Sueltmann, Annemarie Poustka, Martin Vingron; Bioinformatics (2002) 18 Suppl.1 S96-S104.
of microarray data, Wolfgang Huber, Anja von Heydebreck, Holger Sueltmann, Annemarie Poustka, and Martin Vingron; Statistical Applications in Genetics and Molecular Biology (2003) Vol. 2 No. 1, Article 3.
参见----------See Also----------
vsn
vsn
举例----------Examples----------
data(kidney)
y = exprs(kidney)
p = array(c(-0.2, -0.1, 0.1, 0.2, 0.0026, 0.0028, 0.0030, 0.0032), dim=c(2,2,2))
strata = sample(1:2, nrow(y), replace=TRUE)
res1 = vsnh(exprs(kidney), p, strata)
res2 = asinh(p[strata,,1] + p[strata,,2] * y) - log(2*p[strata,1,2])
stopifnot(max(abs(res1 - res2)) < 1e-10)
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发表于 2012-2-26 16:01:33
