R语言 vsn包 vsn2trsf()函数中文帮助文档(中英文对照)

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vsn2trsf(vsn)
vsn2trsf()所属R语言包：vsn

                                        Apply the vsn transformation to data
                                         应用VSN数据转化

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Apply the vsn transformation to data.
数据应用VSN改造。


用法----------Usage----------


## S4 method for signature 'vsn'
predict(object, newdata, strata=object@strata, log2scale=TRUE, useDataInFit=FALSE)



参数----------Arguments----------

参数：object
An object of class vsn that contains transformation parameters and strata information, typically this is the result of a previous call to vsn2.
类对象vsn包含转换参数和地层信息，这通常是vsn2以前调用的结果。


参数：newdata
Object of class ExpressionSet, NChannelSet, AffyBatch (from the affy package), RGList (from the limma package), matrix or numeric, with the data to which the fit is to be applied to.
Object类的ExpressionSet，NChannelSet，AffyBatch（affy包），RGList（limma包），<X >或matrix，数据，适合被应用到。


参数：strata
Optional, a factor or integer that aligns with the rows of newdata; see the strata argument of vsn2.
可选，factor或integer行对齐newdata;stratavsn2参数。


参数：log2scale
If TRUE, the data are returned on the glog scale to base 2, and an overall offset c is added (see Value section of the vsn2 manual page). If FALSE, the data are returned on the glog scale to base e, and no offset is added.
数据返回TRUE如果，上glog规模碱基2个，整体偏移c的增加（见价值的vsn2手册页部分）。如果添加FALSE，数据返回上的glog的规模，以e为底，并没有抵消。


参数：useDataInFit
If TRUE, then no transformation is attempted and the data stored in object is transferred appropriately into resulting object, which otherwise preserves the class and metadata of newdata. This option exists to increase performance in constructs like  <PRE>        fit = vsn2(x, ...)        nx = predict(fit, newdata=x)   </PRE> and is used, for example, in the justvsn function.
如果TRUE，然后没有改造企图和数据存储在object适当转移到生成的对象，否则保留类和元数据newdata。此选项存在增加像<PRE>适合结构性能= vsn2（X，...）NX =预测（酌情newdata = X）</ pre>和使用，例如，在justvsn功能。


值----------Value----------

An object typically of the same class as newdata. There are two exceptions: if newdata is an RGList, the return value is an NChannelSet, and if newdata is numeric, the return value is a matrix with 1 column.
通常为newdata同一类的一个对象。有两个例外：如果newdata是RGList，返回值是一个NChannelSet，newdata是数字，返回值是一个matrix 1列。


作者（S）----------Author(s)----------


Wolfgang Huber



举例----------Examples----------


data("kidney")

## nb: for random subsampling, the 'subsample' argument of vsn[＃注：随机抽样，子样VSN参数]
##   provides an easier way to do this[＃提供了一个简单的办法做到这一点]
fit = vsn2(kidney[sample(nrow(kidney), 500), ])
tn = predict(fit, newdata=exprs(kidney))


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注：
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