R语言 vsn包 sagmbSimulateData()函数中文帮助文档(中英文对照)

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sagmbSimulateData(vsn)
sagmbSimulateData()所属R语言包：vsn

                                        Simulate data and assess vsn's parameter estimation
                                         模拟数据和评估VSN的参数估计

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Functions to validate and assess the performance of vsn
功能验证和评估VSN性能


用法----------Usage----------


sagmbSimulateData(n=8064, d=2, de=0, up=0.5, nrstrata=1,  miss=0, log2scale=FALSE)
sagmbAssess(h1, sim)



参数----------Arguments----------

参数：n
Numeric. Number of probes (rows).
数字。探针的数量（行）。


参数：d
Numeric. Number of arrays (columns).
数字。数组数（列）。


参数：de
Numeric. Fraction of differentially expressed genes.
数字。分数的差异表达基因。


参数：up
Numeric. Fraction of up-regulated genes among the differentially expressed genes.
数字。分数之间的差异表达基因的上调基因。


参数：nrstrata
Numeric. Number of probe strata.
数字。数探针阶层。


参数：miss
Numeric. Fraction of data points that is randomly sampled and set to NA.
数字。分数数据，随机抽样，并设置为NA点。


参数：log2scale
Logical. If TRUE, glog on base 2 is used, if FALSE, (the default), then base e.
逻辑。如果TRUE，2碱基glog的使用，如果FALSE（默认），然后以e为底的。


参数：h1
Matrix. Calibrated and transformed data, according, e.g., to vsn
矩阵。校准和转换后的数据，根据，例如，VSN


参数：sim
List. The output of a previous call to sagmbSimulateData, see Value
名单。以前调用sagmbSimulateData输出，见价值


Details

详情----------Details----------

Please see the vignette.
请看到的小插曲。


值----------Value----------

For sagmbSimulateData, a list with four components: hy, an n x d matrix with the true (=simulated) calibrated, transformed data; y, an n x d matrix with the simulated uncalibrated raw data - this is intended to be fed into vsn; is.de, a logical vector of length n, specifying which probes are simulated to be differentially expressed. strata, a factor of length n.
sagmbSimulateData，四部分组成名单：hy，n x d矩阵与真实（模拟）校准，转换后的数据;y，n x d未校准与模拟原始数据矩阵 - 这是为了被送入vsnis.de，逻辑向量的长度n，指定探针模拟差异表达。 strata长度n的一个因素。

For sagmbSimulateData, a number: the root mean squared difference between true and estimated transformed data.
sagmbSimulateData，一个数字：根意味着真实和估计数据转换之间的平方差。


作者（S）----------Author(s)----------


Wolfgang Huber



参考文献----------References----------

Annemarie Poustka, and Martin Vingron (2003) "Parameter estimation for the calibration and variance stabilization of microarray data", Statistical Applications in Genetics and Molecular Biology: Vol. 2: No. 1, Article 3.

参见----------See Also----------

vsn
vsn


举例----------Examples----------


  sim <- sagmbSimulateData(nrstrata=4)
  ny  <- vsn(sim$y, strata=sim$strata)
  res <- sagmbAssess(exprs(ny), sim)
  res

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