R语言 VariantAnnotation包 SIFTDbColumns()函数中文帮助文档(中英文对照)

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SIFTDbColumns(VariantAnnotation)
SIFTDbColumns()所属R语言包：VariantAnnotation

                                        SIFTDb Columns
                                         SIFTDb列

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Description of the SIFT Sqlite Database Columns
SQLite数据库列的SIFT描述


列说明----------Column descriptions----------

These column names are displayed when cols is called on a SIFTDb object.
当colsSIFTDb对象的称为显示这些列名。

RSID : rsid
RSID：RSID

PROTEINID : NCBI RefSeq protein ID
PROTEINID：NCBI的RefSeq蛋白质编号

AACHANGE : amino acid substitution; reference aa is preceeding, followed by the position and finally the snp aa
AACHANGE：氨基酸替代;参考AA先前，其次的位置和最后的SNP AA

METHOD : method of obtaining related sequences using PSI-BLAST
方法：取得使用PSI-BLAST的相关序列的方法

AA : either the reference or snp residue amino acid
机管局：参考或SNP残留氨基酸

PREDICTION : SIFT prediction
预测：SIFT特征预测

SCORE : SIFT score (range 0 to 1)
评分：SIFT特征分数（范围从0到1）

TOLERATED : score is greater than 0.05
耐受性：得分为大于0.05

DAMAGING : score is less than or equal to 0.05
毁伤：得分为小于或等于0.05

NOT SCORED : no prediction is made if there are less than  2 homologous sequences that have an amino acid  at the position of the given SNP or if the SIFT  prediction is not available
没有得分，在没有如果有小于2的同源序列，在给定的SNP的位置，或者如果有氨基酸的SIFT预测不可预测

MEDIAN : diversity measurement of the sequences used for  prediction (range 0 to 4.32)
中位数：用于预测序列的多样性测量（范围0至4.32）

POSITIONSEQS : number of sequences with an amino acide at the  position of prediction
POSITIONSEQS：序列数与预测位置的氨基酸acide

TOTALSEQS : total number of sequences in alignment
TOTALSEQS：序列总数对齐


作者（S）----------Author(s)----------


Valerie Obenchain <vobencha@fhcrc.org>



参见----------See Also----------

?SIFTDb
?SIFTDb

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注：
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注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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