R语言 VanillaICE包 hmmResults()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

hmmResults(VanillaICE)
hmmResults()所属R语言包：VanillaICE

                                         Example output from hmm
                                         从HMM的输出示例

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Example output from hmm method applied to simulated data.
示例输出从hmm应用于模拟数据的方法。


用法----------Usage----------


data(hmmResults)



格式----------Format----------

A RangedDataHMM object.
一个RangedDataHMM对象。


Details

详情----------Details----------

The results of a 6-state HMM fit to simulated copy number and genotype data.
6状态HMM的结果符合模拟拷贝数和基因型数据。


参见----------See Also----------

xyplot
xyplot


举例----------Examples----------


        data(oligoSetExample, package="oligoClasses")
        oligoSet <- oligoSet[chromosome(oligoSet) == 1, ]
        hmmOpts <- hmm.setup(oligoSet, is.log=TRUE)
        ## Not run: [＃无法运行：]
                hmmResults <- hmm(oligoSet, hmmOpts, k=3)
                save(hmmResults, file="~/Software/VanillaICE/data/hmmResults.rda")
       
## End(Not run)[＃结束（不运行）]
        data(hmmResults)
        state(hmmResults)
        hmmOpts$states[state(hmmResults)]
        ##[＃]
        ## Plot region of homozygosity[＃纯合图区域]
        ##  (Note that the formula cn~x is required at this time)[＃（请注意，公式CN~x是需要在这个时候）]
        xyplot(cn~x, oligoSet, range=hmmResults[2, ], frame=10e6,
               panel=xypanel, pch=21, cex=0.6)
        ##[＃]
        ## Or, plot each range in its own panel with a frame of 2e6 bases.[＃或每个范围，绘制在自己的面板与2E6碱基的框架。]
        ##  (Again, the formula is a standard format with cn, x,[＃（同样，公式是CN，X的标准格式，]
        ##  range, and id the only allowed terms)[＃范围和ID只允许的条件）]
        ## Because these are all the ranges from one individual's[＃因为这些都是从一个人的范围]
        ## chromosome, the ranges are overlapping[＃染色体，范围重叠]
        ##  The range 'in focus' is demarcated by vertical blue lines[＃“焦点”的范围是由垂直蓝线划定]
        xyplot(cn~x | range, oligoSet, range=hmmResults, frame=2e6,
               panel=xypanel, pch=21, cex=0.2,
               scales=list(x="free"),
               border="blue",
               col.np="grey",
               col.het="grey",
               col.hom="grey")

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