R语言 tweeDEseq包 filterCounts()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

filterCounts(tweeDEseq)
filterCounts()所属R语言包：tweeDEseq

                                         Count data filtering
                                         统计数据过滤

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Filter count data to remove lowly expressed genes.
过滤计算数据，以消除低表达的基因。


用法----------Usage----------


filterCounts(counts, cpm.cutoff=0.5, n.samples.cutoff=2)



参数----------Arguments----------

参数：counts
numeric data.frame or matrix containing the count data.  
数值数据框或矩阵包含计数数据。


参数：cpm.cutoff
expression level cutoff defined as the minimum number of counts per million.    By default this is set to 0.5 counts per million.  
表达水平的截止定义为每百万计数的最低数量。默认情况下，这是数以百万计的0.5％。


参数：n.samples.cutoff
minimum number of samples where a gene should meet the counts per million cutoff (cpm.cutoff) in order to be kept as part of the count data matrix.  
最低样本数的基因应该满足每百万截止计数（cpm.cutoff）以保持计数数据矩阵的一部分。


Details

详情----------Details----------

This function removes genes with very low expression level defined in terms of a minimum number of coutns per million occurring in a minimum number of samples. Such a policy was described by Davis McCarthy in a message at the bioc-sig-sequencing mailing list. By default, this function keeps genes that are expressed at a level of 0.5 counts per million or greater in at least two samples.
此功能删除定义最低的每百万coutns发生在最低数量的样本数量非常低表达水平的基因。这样的政策被描述在消息bioc-SIG测序邮件列表由戴维斯麦卡锡。此功能默认情况下，保持在0.5每百万计数或至少在两个样品的水平基因表达。


值----------Value----------

A matrix of filtered genes.
一个基因的筛选矩阵。


作者（S）----------Author(s)----------



J.R. Gonzalez and R. Castelo




参考文献----------References----------



参见----------See Also----------

normalizeCounts
normalizeCounts


举例----------Examples----------


# Generate a random matrix of counts[生成一个随机数矩阵]
counts <- matrix(rPT(n=1000, a=0.5, mu=10, D=5), ncol = 40)

dim(counts)

# Filter genes with requiring the minimum expression level on every sample[要求对每一个样本的最小表达水平的筛选基因]
filteredCounts <- filterCounts(counts, n.samples.cutoff=dim(counts)[2])

dim(filteredCounts)

转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。


注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。