R语言 TurboNorm包 normalize.pspline()函数中文帮助文档(中英文对照)

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normalize.pspline(TurboNorm)
normalize.pspline()所属R语言包：TurboNorm

                                        Functions for single-colour microarray data normalization using the P-splines
                                         单色微阵列数据标准化的功能，使用P-样条

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Modified version of normalize.loess and normalize.AffyBatch.pspline from the affy package uses the P-spline smoother in stead of the loess algorithm
修改版本使用的normalize.loess和从affy包normalize.AffyBatch.pspline代替黄土算法的P-样条平滑


用法----------Usage----------


normalize.pspline(mat, epsilon = 10^-2, maxit = 1, log.it = TRUE,
    verbose = TRUE, weights = rep(1, nrow(mat)), ...)
normalize.AffyBatch.pspline(abatch,
    type=c("together","pmonly","mmonly","separate"), ...)



参数----------Arguments----------

参数：mat
a matrix with columns containing the values of the chips to normalize.
用含有芯片的值标准化列的矩阵。


参数：abatch
an AffyBatch object.
AffyBatch对象。


参数：epsilon
a tolerance value (supposed to be a small value - used as a stopping criterion).
公差值（应该是一个很小的值 - 作为停止准则）。


参数：maxit
maximum number of iterations.
最大迭代次数。


参数：log.it
logical. If TRUE it takes the log2 of mat
逻辑。如果TRUEmat的的log2


参数：verbose
logical. If TRUE displays current pair of chip being worked on.
逻辑。 TRUE如果显示芯片的电流对工作。


参数：weights
For weighted normalization. The default is NULL, so there are no weights used.
加权标准化。默认是空的，所以没有使用权。


参数：type
A string specifying how the normalization should be applied. See details for more.
一个字符串，指定应如何标准化。看到更多的细节。


参数：...
Graphical parameters can be supplied.
可以提供图形参数。


Details

详情----------Details----------

This function is a modified version of the function normalize.loess from the affy package. In stead of the loess algorithm the function uses the P-spline algorithm.  The type argument should be one of "separate","pmonly","mmonly","together" which indicates whether to normalize only one probe type(PM,MM) or both together or separately.
这个函数是一个功能normalize.loess从affy包的修改后的版本。在代替黄土算法的功能使用的P-样条算法。类型参数应该是一个"separate","pmonly","mmonly","together"这表明是否只有一个探针类型（PM，MM）或一起或单独标准化。


值----------Value----------

Normalized AffyBatch
归AffyBatch


作者（S）----------Author(s)----------


Maarten van Iterson and Chantal van Leeuwen



参考文献----------References----------




参见----------See Also----------

normalize.loess
normalize.loess


举例----------Examples----------



library(affydata)
data(Dilution)
PM <- log2(pm(Dilution[,c(1,3)]))
M <- PM[,1]-PM[,2]
A <- 0.5*(PM[,1]+PM[,2])

nPM <- log2(normalize.pspline(pm(Dilution[,c(1,3)])))
nM <- nPM[,1]-nPM[,2]
nA <- 0.5*(nPM[,1]+nPM[,2])

par(mfcol=c(2,1))
plot(M~A)
plot(nM~nA)

norm <- normalize.AffyBatch.pspline(Dilution, type="pmonly")


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