subtract-functions(TSSi)
subtract-functions()所属R语言包:TSSi
Subtract functions
减函数
译者:生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Functions subtracting the expectation value used in the identification of TSS.
减去期望值,用于确定在TSS的功能。
用法----------Usage----------
subtractExpectation(fg, bg, indTss, pos, basal, tau, extend=FALSE)
参数----------Arguments----------
参数:fg
Numeric vector with foreground.
数字矢量与前景。
参数:bg
Numeric vector with background of the same length as fg.
数字矢量与背景相同的长度为fg。
参数:indTss
Index vector indicating the expected TSS sites in fg.
索引向量表示预期fgTSS的网站。
参数:pos
Positions of the reads in the segment, as given in the segmentizeCounts method.
在段读取的立场,在segmentizeCounts方法给出。
参数:basal
See the normalizeCounts method.
看到normalizeCounts方法。
参数:tau
See the identifyStartSites method.
看到identifyStartSites方法。
参数:extend
Logical indicating whether the background estimates should be computed for all positions, rather than only for those with reads.
逻辑表示的背景估计是否应计算所有职位,而不是只读取这些。
Details
详情----------Details----------
The subtractExpectation function is one approach on how to subtract the expectation value.
subtractExpectation函数是如何减去期望值的方法。
Other functions with the same call structure can be used in the detection of the TSS by passing it as fun argument in the identifyStartSites method.
通过fun方法identifyStartSites参数具有相同的调用结构等功能,可用于检测的TSS。
参见----------See Also----------
Classes: TssData, TssNorm, TssResult
类别:TssData,TssNorm,TssResult
Methods: segmentizeCounts, normalizeCounts, identifyStartSites, get-methods, plot-methods, asRangedData-methods
方法:segmentizeCounts,normalizeCounts,identifyStartSites,get-methods,plot-methods,asRangedData-methods
Functions: subtract-functions
功能:subtract-functions
Data set: physcoCounts
数据集:physcoCounts
Package: TSSi-package
包装:TSSi-package
举例----------Examples----------
args(subtractExpectation)
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注:
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