R语言 TSSi包 plot-methods()函数中文帮助文档(中英文对照)

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plot-methods(TSSi)
plot-methods()所属R语言包：TSSi

                                         Plot methods
                                         图方法

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Plot the data and results of the TSSi package.
绘制TSSi包的数据和结果。


用法----------Usage----------


plot(x, y, ...)



参数----------Arguments----------

参数：x
An object of class TssData, TssNorm, or TssResult.
一个对象的类TssData，TssNorm或TssResult。


参数：y
A single integer or character string specifying which segment to plot. An integer is interpreted as the index of the segment while a character string is matched against the segment names.
一个整数或字符串，该部分指定绘图。而对段名相匹配的字符串被解释为一个整数索引段。


参数：...
Optional arguments used in order to customize the figure. See the "details" section.
可选参数，用于以自定义的数字。看到“细节”部分。


Details

详情----------Details----------

With the plot method, the raw, normalized, or final data can easily be visualized.
随着plot方法，原料，规范化，或最终的数据可以很容易地可视化。

The plot method uses a special system in order to customize the graphical elements of the figure. It allows to refer to the different components with the name of the additional input argument; its value is a list containing named graphical parameters for the underlying plot function. The following list describes the available names and their contribution.
plot方法使用一个特殊的系统，以自定义图形元素的身影。它允许额外的输入参数的名称，以不同的组件，它的值是一个列表，其中包含命名的图形参数为基础的绘图功能。下面的列表描述了可用的名字和他们的贡献。




plot Graphical parameters for the axes and the
plot图形的轴参数和




counts Logical indicating whether the raw counts
counts逻辑指示是否原始计数




countsArgs Graphical parameters for the
countsArgs图形参数




ratio Logical indicating whether the estimates based
ratio逻辑指示是否根据估计




ratioArgs Graphical parameters for the
ratioArgs图形参数




fit Logical indicating whether the estimates based on
fit是否估计基础上的逻辑说明




fitArgs Graphical parameters for the
fitArgs图形参数




expect Logical indicating whether the background
expect逻辑表明是否背景




expectArgs Graphical parameters for the
expectArgs图形参数




expect Logical indicating whether the background estimates should be computed for all positions, rather than only
expect逻辑表示的背景估计是否应为所有位置计算，而不是只




tss Logical indicating whether the identified TSS
tss逻辑指示是否已确定的技术支持服务




tssArgs Graphical parameters for the
tssArgs图形参数




threshold Logical indicating whether the threshold parameter
threshold逻辑表明，阈值参数是否




thresholdArgs Graphical parameters for the
thresholdArgs图形参数




rug Logical indicating whether the location of the identified TSS
rug逻辑说明是否确定的TSS的位置




rugArgs Graphical parameters for the
rugArgs图形参数




baseline Logical indicating whether a baseline
baseline逻辑表明，无论基线




baselineArgs Graphical parameters for the
baselineArgs图形参数




legend Logical indicating whether a legend should be
legend逻辑指示是否应该是一个传奇




legendArgs Graphical parameters for the
legendArgs图形参数

Thus, for (a) omitting the ratio estimates, the threshold, and the legend, (b) customizing the graphical parameters of the raw read counts, (c) customizing the axis labels and the title, the following code can be used:
因此，（一）漏报的比例估计，阈值，和传说中，（二）原料读计数，（三）自定义轴标签和标题自定义的图形参数，下面的代码可以使用：

plot(x, 1, ratio=FALSE, threshold=FALSE, legend=FALSE,     countsArgs=list(type="h", col="darkgray", pch=NA),     plotArgs=list(xlab="Genomic position", main="TSS for segment     's1_-_155'")
plot(x, 1, ratio=FALSE, threshold=FALSE, legend=FALSE,     countsArgs=list(type="h", col="darkgray", pch=NA),     plotArgs=list(xlab="Genomic position", main="TSS for segment     's1_-_155'")


方法----------Methods----------

Visualize the raw data:
可视化的原始数据：

signature(x="TssData")
signature(x="TssData")

plot(x, y, counts=TRUE, legend=TRUE, ...)  
plot(x, y, counts=TRUE, legend=TRUE, ...)

Visualize the normalized data:
可视化，规范化的数据：

signature(x="TssNorm")
signature(x="TssNorm")

plot(x, y, counts=TRUE, ratio=TRUE, fit=TRUE, legend=TRUE,         ...)  
plot(x, y, counts=TRUE, ratio=TRUE, fit=TRUE, legend=TRUE,         ...)

Visualize the normalized data along with the identified TSS:
随着鉴定TSS的可视化规范化的数据：

signature(x="TssResult")
signature(x="TssResult")

plot(x, y, counts=TRUE, ratio=TRUE, fit=TRUE, expect=FALSE,         tss=TRUE, threshold=TRUE, rug=TRUE, legend=TRUE, ...)  
plot(x, y, counts=TRUE, ratio=TRUE, fit=TRUE, expect=FALSE,         tss=TRUE, threshold=TRUE, rug=TRUE, legend=TRUE, ...)


作者（S）----------Author(s)----------



Maintainer: Julian Gehring <julian.gehring@fdm.uni-freiburg.de>




参见----------See Also----------

Classes: TssData, TssNorm, TssResult
类别：TssData，TssNorm，TssResult

Methods: segmentizeCounts, normalizeCounts, identifyStartSites, get-methods, plot-methods, asRangedData-methods
方法：segmentizeCounts，normalizeCounts，identifyStartSites，get-methods，plot-methods，asRangedData-methods

Functions: subtract-functions
功能：subtract-functions

Data set: physcoCounts
数据集：physcoCounts

Package: TSSi-package
包装：TSSi-package


举例----------Examples----------


## preceding steps[＃前面的步骤]
example(identifyStartSites)

## plot[＃积]
plot(yFit, 1)

## plot w/ some custom settings[＃积W /一些自定义设置]
plot(z, 1, ratio=FALSE, threshold=FALSE, countsArgs=list(type="h",
col="darkgray", pch=NA), plotArgs=list(xlab="Genomic position",
main="TSS for segment 's1_-_155'"))

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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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