trigger.trait-methods(trigger)
trigger.trait-methods()所属R语言包：trigger
Trait-trigger analysis
特质触发分析
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Trait-Trigger identifies, for a given trait of interest, causal gene regulator(s) that makes the trait conditionally independent of the QTL and their estimated p-values of causal regulation. These probabilities can further be used to construct a gene regulatory network.
特质触发标识，为兴趣，因果基因调节（S），使性状的QTL有条件独立，他们估计因果调节p值的特点。这些概率可以进一步用来构建基因调控网络。
用法----------Usage----------
## S4 method for signature 'trigger'
trigger.trait(triggerobj, trait, cross, thr, n.sv = NULL, addplot = TRUE)
参数----------Arguments----------
参数：triggerobj
An object of class trigger. See trigger for details.
对象类trigger。看到trigger详情。
参数：trait
Trait for which causal regulator is to be found. It can either be a gene-name for a gene expression trait present in triggerobj or a vector of values for the individuals present in triggerobj.
因果关系的调节是要找到特质的。它可以是一个基因的表达特征triggerobj或个人价值的向量，在triggerobj目前的基因名称。
参数：cross
An object of class cross obtained from trigger.export2cross. See R/qtl for more details.
一个类的对象cross从trigger.export2cross。看到R/qtl更多细节。
参数：thr
LOD threshold to search for locally linked putative causal genes (default 3).
LOD值来搜索本地链接的推定因果基因（预设为3）。
参数：n.sv
Number of surrogate variables used to model the local heterogeneity. If not set, it is computed from the expression data.
用于模拟当地的异质性的替代变量的数目。如果没有设置，它是从表达数据的计算。
参数：addplot
If TRUE, a plot of the LOD scores from a genome-scan for a single-QTL model from package R/qtl.
如果TRUE，从基因组扫描的图为一个单一的QTL模型LOD值从包R/qtl。
值----------Value----------
A vector of p-values associated with each tested causal regulator.
p值的向量与每个测试的因果关系的调节器。
作者（S）----------Author(s)----------
Lin S. Chen <a href="mailto:lschen.stat@gmail.com">lschen.stat@gmail.com</a>, Dipen P. Sangurdekar <a href="mailto:dps@genomics.princeton.edu">dps@genomics.princeton.edu</a> and John D. Storey <a href="mailto:jstorey@princeton.edu">jstorey@princeton.edu</a>
参考文献----------References----------
参见----------See Also----------
trigger.loclink and trigger.export2cross
trigger.loclink和trigger.export2cross
举例----------Examples----------
## Not run: [＃无法运行：]
data(yeast)
attach(yeast)
triggerobj <- trigger.build(marker = marker, exp = exp,
marker.pos = marker.pos, exp.pos = exp.pos)
crossfile <- trigger.export2cross(triggerobj)
tt.pval <- trigger.trait(triggerobj, trait = "DSE1", cross = crossfile)
causal.reg <- names(which(p.adjust(tt.pval, method = "fdr")<.05))
detach(yeast)
## End(Not run)[＃结束（不运行）]
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注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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发表于 2012-2-26 15:46:17
