R语言 topGO包 getSigGroups()函数中文帮助文档(中英文对照)

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getSigGroups(topGO)
getSigGroups()所属R语言包：topGO

                                        Interfaces for running the enrichment tests
                                         接口运行的丰富测试

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

These function are used for dispatching the specific algorithm for a given topGOdata object and a test statistic.
这些功能是用于调度的具体算法为一个给定的topGOdata对象和测试统计。


用法----------Usage----------


getSigGroups(object, test.stat, ...)
runTest(object, algorithm, statistic, ...)
whichAlgorithms()
whichTests()



参数----------Arguments----------

参数：object
An object of class topGOdata This object contains all data necessary for runnig the test.
一个类的对象topGOdata这个对象包含所有数据必要的runnig测试。


参数：test.stat
An object of class groupStats. This object defines the test statistic.
对象类groupStats。此对象定义的测试统计。


参数：algorithm
Character string specifing which algorithm to use.  
字符串specifing使用哪种算法。


参数：statistic
Character string specifing which test to use.  
字符串specifing测试使用。


参数：...
Other parameters. In the case of runTest they are used for defining the test statistic
其他参数。在runTest它们用于定义的测试统计


Details

详情----------Details----------

The runTest function can be used only with a predefined set of test statistics and algorithms. The algorithms and the statistical tests which are accessible via the runTest function are shown by the whichAlgorithms() and whichTests() functions.
runTest函数只能用于与一组预定义的测试统计和算法。是通过runTest函数访问的算法和统计测试显示由whichAlgorithms()和whichTests()的功能。

The runTest function is a warping of the getSigGroups and the initialisation of a groupStats object functions.
在runTest的功能是的getSigGroups和groupStats对象功能的初始化变形。

...
...


值----------Value----------

An object of class topGOresult.
对象类topGOresult。


作者（S）----------Author(s)----------


Adrian Alexa



参见----------See Also----------

topGOdata-class, groupStats-class, topGOresult-class
topGOdata-class，groupStats-class，topGOresult-class


举例----------Examples----------



## load a sample topGOdata object[＃加载样本topGOdata对象。]
data(GOdata)
GOdata

##############################[＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃]
## getSigGroups interface[＃getSigGroups接口]
##############################[＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃]

## define a test statistic[＃定义一个测试统计]
test.stat <- new("classicCount", testStatistic = GOFisherTest, name = "Fisher test")
## perform the test[＃执行测试。]
resultFis <- getSigGroups(GOdata, test.stat)
resultFis



##############################[＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃]
## runTest interface[＃runTest的接口]
##############################[＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃]

## Enrichment analysis by using the "classic" method and Fisher's exact test[＃使用“经典”的方法和Fisher精确检验的富集分析]
resultFis <- runTest(GOdata, algorithm = "classic", statistic = "fisher")
resultFis

## weight01 is the default algorithm [＃weight01是默认算法]
weight01.fisher <- runTest(GOdata, statistic = "fisher")
weight01.fisher


## not all combinations are possible![＃并非所有的组合都是可能的！]
# weight.ks &lt;- runTest(GOdata, algorithm = "weight", statistic = "t")[< -  runTest的weight.ks（GOdata，算法=“重量”，统计=“T”）]

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