R语言 topGO包 dignostic-methods()函数中文帮助文档(中英文对照)

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dignostic-methods(topGO)
dignostic-methods()所属R语言包：topGO

                                        Diagnostic functions for topGOdata and topGOresult objects.
                                         为topGOdata和topGOresult对象的诊断功能。

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

The GenTable function generates a summary of the results of the enrichment analysis.
GenTable函数生成的富集分析结果摘要。

The showGroupDensity function plots the distributions of the gene' scores/ranks inside a GO term.
showGroupDensity功能基因的分数/内GO术语的行列分布图。

The printGenes function shows a short summary of the top genes annotated to the specified GO terms.
printGenes函数显示一个简短的摘要顶级基因注释到指定的GO术语。


用法----------Usage----------


GenTable(object, ...)

showGroupDensity(object, whichGO, ranks = FALSE, rm.one = TRUE)

printGenes(object, whichTerms, file, ...)



参数----------Arguments----------

参数：object
an object of class topGOdata.
对象类topGOdata。


参数：whichGO
the GO terms for which the plot should be generated.
图应生成的GO术语。


参数：ranks
if ranks should be used instead of scores.
如果队伍应使用，而不是分数。


参数：rm.one
the p-values which are 1 are removed.   
p值1将被删除。


参数：whichTerms
character vector listing the GO terms for which the summary should be printed.  
列出应印总结的GO术语的特征向量。


参数：file
character string specifying the file in which the results should be printed.  
字符串指定文件应印在其中的结果。


参数：...
Extra arguments for GenTable can be:     
GenTable可以额外的参数：

... one or more objects of class topGOresult.   
... topGOresult类的一个或多个对象。

orderBy if more than one topGOresult object is given then orderBy gives the index of which scores will be used to order the resulting table. Can be an integer index or a character vector given the name of the topGOresult object.   
orderBy如果超过一个topGOresult给出了分数，其中将使用命令生成的表的索引orderBy对象。可以是一个整数指数的topGOresult对象的名称或特征向量。

ranksOf same as orderBy argument except that this parameter shows the relative ranks of the specified result.   
ranksOforderBy参数相同，除了此参数指定的结果显示，相对行列。

topNodes the number of top GO terms to be included in the table.   
topNodes顶部条款被列入表中。

numChar the GO term definition will be truncated such that only the first numChar characters are shown.        Extra arguments for printGenes can be:     
numChar的GO术语的定义将被截断，这样，只有第一numChar字符显示。 printGenes可以额外的参数：

chip character string containing the name of the Bioconductor annotation package for a microarray chip.   
chip字符串，其中包含为的Bioconductor注释包微阵列芯片的名称。

numChar the gene description is trimmed such that it has numChar characters.   
numChar修剪基因描述，例如，它有numChar字符。

simplify logical variable affecting how the results are returned.   
simplify逻辑变量的影响如何返回结果。

geneCutOff the maximal number of genes shown for each term.   
geneCutOff每学期所示的基因的最大数目。

pvalCutOff only the genes with a p-value less than pvalCutOff are shown.   
pvalCutOff只比pvalCutOff p值少的基因显示。

oneFile if TRUE then a file for each GO term is generated.      
oneFile如果TRUE然后每个GO术语的文件生成。


Details

详情----------Details----------

GenTable is an easy to use function for summarising the most significant GO terms and the corresponding p-values. The function dispatches for topGOdata and topGOresult objects, and it can take an arbitrary number of the later, making comparison between various results easier.
GenTable是一个易于使用的功能总结的最显着的GO术语和相应的p值。 topGOdata和topGOresult对象，它可以利用一个任意数量后，使各种结果之间的比较容易的功能调度。

Note: One needs to type the complete attribute names (the exact name) of this function, like: topNodes = 5, rankOf = "resultFis", etc.  This being the price paid for flexibility of specifying different number of topGOdata objects.
注：一个需要输入完整的属性名（确切的名字），这个功能，如：topNodes = 5，rankOf = "resultFis"“等，这是指定不同数量的灵活性，所付出的代价<X >的对象。

The showGroupDensity function analyse the distribution of the gene-wise scores for a specified GO term. The function will show the distribution of the genes in a GO term compared with the complementary set, using a lattice plot.
showGroupDensity功能分析指定术语的基因明智的分数分布。该函数将显示在一个GO术语的基因分布与互补集，使用晶格图。

printGenes  The function will generate a table with all the probes annotated to the specified GO term. Various type of identifiers, the gene name and the gene-wise statistics are provided in the table.
printGenes该函数将产生一个与所有的探针注明指定的GO术语表。提供不同类型的标识，基因名称，基因明智的统计表格中。

One or more GO identifiers can be given to the function using the whichTerms argument. When more than one GO is specified, the function returns a list of data.frames, otherwise only one data.frame is returned.
可以给一个或多个好标识符的功能，使用whichTerms参数。当多个转到指定，该函数返回一个data.frames列表，否则只有一个data.frame返回。

The function has a argument file which, when specified, will save the results into a file using the CSV format.
该函数有一个参数file，指定时，将使用CSV格式的文件保存到的结果。

For the moment the function will work only when the chip used has an annotation package available in Bioconductor. It will not work with other type of custom annotations.
暂时的功能将工作时使用的芯片有一个注解包在Bioconductor。它不会与其他类型的自定义注释。


值----------Value----------

A data.frame or a list of data.fames.
数据框或的data.fames名单。


作者（S）----------Author(s)----------


Adrian Alexa



参见----------See Also----------

groupStats-class, getSigGroups-methods
groupStats-class，getSigGroups-methods


举例----------Examples----------



data(GOdata)


########################################[＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃]
## GenTable[＃GenTable]
########################################[＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃]

## load two topGOresult sample objects: resultFisher and resultKS[＃负载两个topGOresult样本对象：resultFisher和resultKS]
data(results.tGO)

## generate the result of Fisher's exact test[＃产生Fisher精确检验的结果。]
sig.tab <- GenTable(GOdata, Fis = resultFisher, topNodes = 20)

## results of both test[两个测试结果＃]
sig.tab <- GenTable(GOdata, resultFisher, resultKS, topNodes = 20)

## results of both test with specified names[两个测试结果与指定名称]
sig.tab <- GenTable(GOdata, Fis = resultFisher, KS = resultKS, topNodes = 20)

## results of both test with specified names and specified ordering[＃都具有指定名称的测试结果，并指定订货]
sig.tab <- GenTable(GOdata, Fis = resultFisher, KS = resultKS, orderBy = "KS", ranksOf = "Fis", topNodes = 20)


########################################[＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃]
## showGroupDensity[＃showGroupDensity]
########################################[＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃]

goID <- "GO:0006091"
print(showGroupDensity(GOdata, goID, ranks = TRUE))
print(showGroupDensity(GOdata, goID, ranks = FALSE, rm.one = FALSE))



########################################[＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃]
## printGenes[＃printGenes]
########################################[＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃]

## Not run: [＃无法运行：]
library(hgu95av2.db)
goID <- "GO:0006629"

gt <- printGenes(GOdata, whichTerms = goID, chip = "hgu95av2.db", numChar = 40)

goIDs <- c("GO:0006629", "GO:0007076")
gt <- printGenes(GOdata, whichTerms = goIDs, chip = "hgu95av2.db", pvalCutOff = 0.01)

gt[goIDs[1]]

## End(Not run)[＃结束（不运行）]

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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。