segment(tilingArray)
segment()所属R语言包:tilingArray
Fit a piecewise constant curve: segmentation by dynamic
适合一个分段常数曲线:动态分割
译者:生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
The function fits a piecewise constant curve to one or multiple sequences of measurements, using a least squares cost function and an O(n) dynamic programming algorithm (see references).
该功能适合分段常数曲线的一个或多个测量序列,使用最小二乘代价函数和一个O(n)的动态规划算法(参见参考资料)。
用法----------Usage----------
segment(y, maxseg, maxk)
参数----------Arguments----------
参数:y
Numeric matrix. Rows correspond to the x-variable, columns to replicate measurements at the same value of x. Breakpoints are fitted along the x-axis. For example, the x-variable can be genomic coordinates or time. The segmentation will be along the rows of y.
数字矩阵。行对应的x变量,列复制在x的值相同的测量。断点装有沿的x轴。例如,x变量可以是基因组的坐标或时间。将沿y行分割。
参数:maxseg
integer of length 1, maximum number of segments (= 1 + maximum number of change points).
长度为1的整数,段的最大数量(= 1 +变化点的最大数量)。
参数:maxk
integer of length 1, maximum length of a single segment.
长度为1,一个单段最大长度的整数。
Details
详情----------Details----------
The complexity of the algorithm is length(x)*maxk in memory and
该算法的复杂性是length(x)*maxk内存中的
值----------Value----------
An object of class segmentation.
对象类segmentation。
作者(S)----------Author(s)----------
W. Huber <a href="mailto:huber@ebi.ac.uk">huber@ebi.ac.uk</a>
参考文献----------References----------
arrays. Huber W, Toedling J, Steinmetz, L. Bioinformatics 22, 1963-1970 (2006).
Franck Picard, Stephane Robin, Marc Lavielle, Christian Vaisse, Gilles Celeux, Jean-Jacques Daudin. BMC Bioinformatics. 2005 Feb 11; 6:27.
举例----------Examples----------
x = rep( sin((0:4)/2*pi), each=3) + rnorm(3*5, sd=0.1)
res = segment(x, maxseg=6, maxk=15)
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