R语言 tilingArray包 plotSegmentationDots()函数中文帮助文档(中英文对照)

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plotSegmentationDots(tilingArray)
plotSegmentationDots()所属R语言包：tilingArray

                                        Plot points for a region along a chromosome
                                         一个区域的积点沿着一条染色体

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Plot points for a region along a chromosome
一个区域的积点沿着一条染色体


用法----------Usage----------


plotSegmentationDots(dat, xlim, ylim, ylab, threshold=NA,
                     chr=1, strand="+", vpr, colors, main,
                     pointSize=unit(0.6, "mm"), showConfidenceIntervals=TRUE,
                     sepPlots=FALSE, cexAxisLabel=1, cexAxis=1,...)



参数----------Arguments----------

参数：dat
list containing data to be plotted (see Details section below for particulars).
列出包含要绘制的数据（见详图以下为详情）。


参数：xlim
integer vector of length 2 with start and end coordinates (in bases) for plotting.
整数向量的长度与绘图的起点和终点的坐标（碱基）2。


参数：ylim
numeric vector containing the y limits of the plot.
数字向量图的Y限制。


参数：ylab
character scalar (if sepPlots=FALSE) or vector containing y-axis label(s).
字符标量（如果sepPlots=FALSE）或Y轴标签（S）的向量。


参数：threshold
numeric scalar indicating the threshold of expression (default value is NA, for  no threshold.  If a value is supplied, it is subtracted from the intensity measures in dat$y.
表明表达的阈值（默认值是NA，没有阈值，如果提供一个值，它的强度措施dat$y减去的数字标。


参数：chr
integer of length 1 indicating the chromosome to be plot (defaults to 1).
长度为1的整数，指示染色体是图（默认为1）。


参数：strand
character scalar which should be set to either + or - to  indicate which strand of DNA to plot the intensity values from (defaults to "+").
应设置的字符标要么+或-指示绘制的DNA链的强度值（默认值+“）。


参数：vpr
which viewport to plot the figure in.  If this function is called directly  by the user this argument should be left missing.
视口绘制图，如果这种说法应留待失踪的用户直接调用此函数。


参数：colors
named character vector, optional. If missing,  a default color scheme is used: c("+"="#00441b", "-"="#081d58", "duplicated"="grey", "cp"="#101010",     "highlight"="red", "threshold"="grey"),  where the first three elements refer to the colors of data points and the  last three to the colors of lines in the plot.
命名的特征向量，可选。如果缺少，默认颜色方案：c("+"="#00441b", "-"="#081d58", "duplicated"="grey", "cp"="#101010",     "highlight"="red", "threshold"="grey")，其中前三个要素是指数据点的颜色和过去三年中的图线的颜色。


参数：main
character vector specifying plot title.
特征向量指定小区称号。


参数：pointSize
an object of class unit which specifies the size of each point.  Default value is unit(0.6, "mm").
类单位的对象指定每个点的大小。默认值是unit(0.6, "mm")。


参数：showConfidenceIntervals
logical scalar indicating whether confidence intervals for each change-point are to be plotted (only available once segmentation has occurred).
逻辑标指示是否要绘制每一个变化点的置信区间（只可用一次分割发生）。


参数：sepPlots
logical scalar indicating whether the intensities are plotted separately for each array (if dat$y has multiple columns).  Defaults to FALSE, in which case the average intensity for each probe is plotted.  When TRUE, up to 3 arrays can be plotted separately (more than 3 gets crowded).
逻辑标表示是否强度分别绘制每个阵列（dat$y如果有多个列）。默认为false，在这种情况下，每个探针的平均强度绘制。当为true时，高达3阵列可以被绘制分开（3以上被拥挤）。


参数：cexAxisLabel
numeric scalar specifying the magnification to be used for the y-axis label relative to the current test size.
数字标指定为y轴的标签，相对于目前的试验规模的放大倍率。


参数：cexAxis
numeric scalar specifying the magnification to be used for the y-axis annotation relative to the current text size.
数字标指定要使用相对当前文本大小为y轴标注的倍率。


参数：...
additional arguments.
额外的参数。


Details

详情----------Details----------

This function is called by plotAlongChrom when the argument what is set to dots.  Although this function can be called directly by the user, this is not recommended.
此功能被称为由plotAlongChrom当参数what设置为dots。虽然这个功能可以由用户直接调用，这是不推荐使用。

The dat list contains the following items: items x: x-coordinates (in bases) along chromosome,
dat列表包含下列项目：项目x：x坐标（碱基）沿染色体，

y: intensity matrix of probes along chromosome,
y：沿染色体的探针强度矩阵，

flag: indicates probe uniqueness in the genome.  Possibilities are 3: multiple perfect matches, 2: has no PM but one or more near-matches, 1: has exactly one PM and some near-matches in the genome, 0: has exactly one PM and no near-matches.
flag：表明探针在基因组中的唯一性。可能性3：多个完美的比赛，2：有没有PM，但一个或多个比赛，1附近有一个PM和一些基因组中，近比赛：有一个PM和附近没有匹配。

extras: (optional) matrix of additional values (such as test-statistics/p-values) to be plotted.
extras：（可选）附加价值矩阵（如test-statistics/p-values）绘制。


作者（S）----------Author(s)----------


Wolfgang Huber <huber@ebi.ac.uk>

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