processData(tigre)
processData()所属R语言包：tigre
Processing expression time series
处理表达时间序列
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
processData further processes time series data preprocessed by puma or lumi.
processData进一步处理时间序列数据进行预处理puma或lumi。
processRawData performs similar processing for other data.
processRawData执行类似其他数据处理。
Both functions return ExpressionTimeSeries objects that can be used as input for the functions GPLearn and GPRankTargets.
这两个函数返回ExpressionTimeSeries可以作为输入的功能GPLearn和GPRankTargets的对象。
用法----------Usage----------
processData(data, times = NULL, experiments = NULL,
do.normalisation = TRUE)
processRawData(rawData, times, experiments = NULL,
is.logged = TRUE, do.normalisation = ifelse(is.logged, TRUE, FALSE))
参数----------Arguments----------
参数：data
The preprocessed data from mmgMOS in the puma package (an exprReslt object) or from the lumi package (a LumiBatch object).
从预处理数据mmgMOSpuma包（exprReslt对象）或lumi包（LumiBatch对象）。“
参数：rawData
Raw data matrix to be used. Each row corresponds to a gene and each column to a data point.
要使用原始数据矩阵。每一行对应一个基因和每列的数据点。
参数：times
Observation times of each data point. If unspecified or NULL, processData attempts to infer this from phenoData(data) field containing 'time' in the name.
每个数据点的观测时间。如果未指定或NULL，processData尝试推断phenoData（数据）字段中含有“时间”的名称。
参数：experiments
The replicate structure of the data indicating which expression data points arise from which experiments. This should be an array in integers from 1 to N with length equal to the number of data points. By default all the data points are assumed to be from same replicate.
从该实验表明表达的数据点的数据复制结构出现。这应该是一个从1到N等于数据点的数量与长度的整数数组。默认情况下，所有的数据点被认为是相同的复制。
参数：is.logged
Indicates whether the expression values are on log scale or not. Normalisation of non-logged data is unsupported.
表示表达式的值是否是对数刻度或不。非记录数据的标准化是不受支持的。
参数：do.normalisation
Indicates whether to perform the normalisation.
指示是否执行的标准化。
Details
详情----------Details----------
The expression data (and percentiles, if available) are normalized by equalising the mean of log-expression in each time points. In processData, a normal distribution is then fitted into the data with distfit.
均衡各时间点的平均log表达归表达数据（百分，如果可用）。 在processData，正态分布，然后装成与distfit的数据。
值----------Value----------
An ExpressionTimeSeries object containing all provided information.
ExpressionTimeSeries对象包含所有提供的信息。
作者（S）----------Author(s)----------
Antti Honkela, Jonatan Ropponen
参见----------See Also----------
GPLearn, GPRankTargets.
GPLearn, GPRankTargets。
举例----------Examples----------
## Load a mmgmos preprocessed fragment of the Drosophila developmental[＃装入果蝇发育mmgmos预处理片段]
## time series[＃时间序列]
data(drosophila_mmgmos_fragment)
## Process the data (3 experiments containing 12 time points each)[＃过程中的数据（3包含12次的实验指出每个）]
drosophila_gpsim_fragment <- processData(drosophila_mmgmos_fragment,
experiments=rep(1:3, each=12))
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注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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发表于 2012-2-26 15:33:35
