R语言 TEQC包 make.wigfiles()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

make.wigfiles(TEQC)
make.wigfiles()所属R语言包：TEQC

                                        Creates wiggle files with per-base coverages
                                         创建与每个碱基覆盖摆动文件

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Prepares wiggle files with (non-zero) per-base coverages for the upload
（非零）每基上传覆盖准备摆动文件


用法----------Usage----------


make.wigfiles(coverageAll, chroms, trackname = "Coverage", filename = "Coverage")



参数----------Arguments----------

参数：coverageAll
RleList containing Rle vectors of per-base coverages for each chromosome, i.e. coverageAll output of coverage.target
RleList含Rle每个碱基覆盖每条染色体的向量，即coverageAll的coverage.target输出


参数：chroms
vector of chromosome names for which to produce wiggle files; if missing wiggle files will be produced for all chromosomes on which there are reads
染色体产生摆动文件的名称为向量;扭动文件丢失，如果将所有染色体上有读取


参数：trackname
trackname for wiggle file header
trackname文件头的摆动


参数：filename
part of output wiggle file name. Respective chromosome number and '.wig' will be added
的一部分输出摆动文件的名称。将增加各自的染色体数目和“假发”。


Details

详情----------Details----------

Only non-zero coverages will be listed
唯一的非零的覆盖将上市


值----------Value----------

One or more wiggle files listing per-base (non-zero) read coverages
一个或多个摆动文件，列出每基只读覆盖（非零）


作者（S）----------Author(s)----------


Manuela Hummel <a href="mailto:manuela.hummel@crg.es">manuela.hummel@crg.es</a>



参见----------See Also----------

coverage.target, coverage.plot, covered.k,
coverage.target，coverage.plot，covered.k


举例----------Examples----------


## get reads and targets[＃得到读取和目标]
exptPath <- system.file("extdata", package="TEQC")
readsfile <- file.path(exptPath, "ExampleSet_Reads.bed")
reads <- get.reads(readsfile, idcol=4, skip=0)
targetsfile <- file.path(exptPath, "ExampleSet_Targets.bed")
targets <- get.targets(targetsfile, skip=0)

## calculate per-base coverages[＃计算每个碱基覆盖]
Coverage <- coverage.target(reads, targets, perBase=TRUE)

## create wiggle files for read coverages on chromsomes 13 and 17[＃创建摆动文件的读取13和17 chromsomes覆盖]
make.wigfiles(Coverage$coverageAll, chroms=c("chr13", "chr17"))

转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。


注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。