R语言 TEQC包 get.reads()函数中文帮助文档(中英文对照)

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get.reads(TEQC)
get.reads()所属R语言包：TEQC

                                        Read genomic positions of sequencing data
                                         阅读基因组测序数据的位置

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Reads a bedfile containing positions of sequenced read aligned to a reference genome
读取一个测序的位置bedfile含有阅读参考基因组对齐


用法----------Usage----------


get.reads(readsfile, filetype = c("bed", "bam"), chrcol = 1, startcol = 2, endcol = 3, idcol, zerobased = TRUE, sep = "\t", skip = 1, header = FALSE, ...)



参数----------Arguments----------

参数：readsfile
name of bedfile giving the positions of aligned reads
bedfile名称对准读取的位置


参数：filetype
Input file type. If "bam", the .bam file is read using scanBam, where flag option isUnmappedQuery=FALSE is used. Defaults to "bed"
输入的文件类型。如果"bam"“。使用scanBam，标志选项isUnmappedQuery=FALSE用于BAM文件被读取。 "bed"默认


参数：chrcol
In which column in the reads bedfile there is the chromosome information (chromosome information in the file should be in string format, e.g. "chrX"). Ignored if filetype = "bam".
是在列在读取bedfile的有染色体信息（染色体文件中的信息应该是字符串格式，如“chrX”）。如果filetype = "bam"忽略。


参数：startcol
In which column there are the starting positions of the reads. Ignored if filetype = "bam".
在哪一列有读取的起始位置。如果filetype = "bam"忽略。


参数：endcol
In which column there are the end positions of the reads. Ignored if filetype = "bam".
其中列有读取的结束位置。如果filetype = "bam"忽略。


参数：idcol
In which column there are read identifiers. For single-end data it is optionally. For paired-end data it is required for some functionalities. The two reads of one pair need to have the same ID. Ignored if filetype = "bam" (the ID column is automatically included then). If read IDs include "#0/1" and "#0/2" in the end (indicating read 1 and read 2 of a pair), those characters will be removed from the IDs.
其中列有读取标识符。对于单端的数据，它是可选的。对于配对末端数据，它需要一些功能。两个读一对需要有相同的ID。被忽略，如果filetype = "bam"（ID列是自动包含的话）。如果读取的ID“＃0/1”和“0/2”（表示读1和读一对2）在年底，这些字符的ID将被删除。


参数：zerobased
if TRUE, start coordinates in readsfile are assumed to be 0-based and are then converted to 1-based system by adding 1. If FALSE, coordinates are not shifted. In this case they should already be 1-based in readsfile. Ignored if filetype = "bam", since scanBam converts 0-based to 1-based coordinates.
如果TRUE，开始在坐标readsfile假设是基于0，然后加入1 1系统转换。如果FALSE，坐标不转向。在这种情况下，他们应该已经在readsfile1为基础。如果filetype = "bam"自scanBam转换成0为基础，以1为基础的坐标。忽略


参数：sep
Column separator character, defaults to tabs. Ignored if filetype = "bam".
列分隔符，默认为制表符。如果filetype = "bam"忽略。


参数：skip
Number of lines of the bedfile to skip before beginning to read data; defaults to 1. Ignored if filetype = "bam".
的bedfile开始读取数据前跳过的行数，默认为1。如果filetype = "bam"忽略。


参数：header
A logical value indicating whether the file contains the names of the variables as its first line; defaults to FALSE. Ignored if filetype = "bam".
一个逻辑值，指示是否该文件包含的变量的名称作为其第一线;默认为false。如果filetype = "bam"忽略。


参数：...
Further arguments passed to read.delim. Ignored if filetype = "bam".
进一步的参数传递到read.delim。如果filetype = "bam"忽略。


值----------Value----------

A RangedData table holding the read positions
一个RangedData表持有只读位置


作者（S）----------Author(s)----------


Manuela Hummel <a href="mailto:manuela.hummel@crg.es">manuela.hummel@crg.es</a>



参见----------See Also----------

get.targets
get.targets


举例----------Examples----------


exptPath <- system.file("extdata", package="TEQC")
readsfile <- file.path(exptPath, "ExampleSet_Reads.bed")
reads <- get.reads(readsfile, idcol=4, skip=0)

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