R语言 TEQC包 fraction.target()函数中文帮助文档(中英文对照)

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fraction.target(TEQC)
fraction.target()所属R语言包：TEQC

                                        Fraction of the target within the genome
                                         在基因组的目标分数

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Calculates the fraction of the reference genome that is targeted
计算是有针对性的参考基因组的一小部分


用法----------Usage----------


fraction.target(targets, Offset = 0, genome = c(NA, "hg19", "hg18"), genomesize)



参数----------Arguments----------

参数：targets
RangedData table containing positions of target regions, i.e. output from get.targets
RangedData表，其中包含目标区域的位置，即从get.targets输出


参数：Offset
integer; add Offset bases on both sides to targeted regions and potentially collapse resulting overlapping target regions
整数;加上Offset双方针对区域的碱基和潜在的崩溃导致重叠的目标区域


参数：genome
genome version targets were designed and reads aligned to. For the given options the total genome size is set automatically. For other genomes or versions, leave this option empty ('NA') and specify the genome size with option 'genomesize'
基因组版本的目标是设计和读取对齐。对于给定的选项全基因组的大小自动设置。其他基因或版本，离开这个选项为空（“不适用”），并指定选项“genomesize的基因组大小


参数：genomesize
integer: specify the total genome size manually. If 'genomesize' is given, option 'genome' will be ignored.
整数：手动指定的总基因组大小。如果genomesize“，选项基因将被忽略。


值----------Value----------

Returns the fraction of nucleotides within the genome that were targeted.
返回了有针对性的基因组内核苷酸的一小部分。


注意----------Note----------

With the output from fraction.target and fraction.reads.target the 'enrichment' of the target capture experiment can be calculated as
与fraction.target和fraction.reads.target“浓缩”的目标捕获实验可以计算的输出


作者（S）----------Author(s)----------


Manuela Hummel <a href="mailto:manuela.hummel@crg.es">manuela.hummel@crg.es</a>



参见----------See Also----------

fraction.reads.target, get.targets
fraction.reads.target，get.targets


举例----------Examples----------


exptPath <- system.file("extdata", package="TEQC")
targetsfile <- file.path(exptPath, "ExampleSet_Targets.bed")
targets <- get.targets(targetsfile, skip=0)
fraction.target(targets, genome="hg19")

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