R语言 TEQC包 covered.k()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

covered.k(TEQC)
covered.k()所属R语言包：TEQC

                                        Target capture sensitivity
                                         目标捕获灵敏度

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Calculates fraction of target bases covered by at least k reads
计算目标碱基分数至少ķ读取覆盖


用法----------Usage----------


covered.k(coverageTarget, k = c(1, 2, 3, 5, 10, 20))



参数----------Arguments----------

参数：coverageTarget
RleList containing Rle vectors of per-target-base coverages for each chromosome, i.e. coverageTarget output from coverage.target
RleList含Rle每个目标基本覆盖每个染色体，即coverageTarget输出的向量从coverage.target


参数：k
integer vector of k-values for which to show fraction of target bases with coverage >= k
k值的整数向量覆盖面，以显示与目标碱基的分数> =k


值----------Value----------

Named vector of same length as k giving the corresponding fractions of target bases
相同长度的k给予相应的分数目标碱基命名为向量


作者（S）----------Author(s)----------


Manuela Hummel <a href="mailto:manuela.hummel@crg.es">manuela.hummel@crg.es</a>



参见----------See Also----------

coverage.target, coverage.hist, coverage.uniformity,
coverage.target，coverage.hist，coverage.uniformity


举例----------Examples----------


## get reads and targets[＃得到读取和目标]
exptPath <- system.file("extdata", package="TEQC")
readsfile <- file.path(exptPath, "ExampleSet_Reads.bed")
reads <- get.reads(readsfile, idcol=4, skip=0)
targetsfile <- file.path(exptPath, "ExampleSet_Targets.bed")
targets <- get.targets(targetsfile, skip=0)

## calculate per-base coverages[＃计算每个碱基覆盖]
Coverage <- coverage.target(reads, targets, perBase=TRUE)

covered.k(Coverage$coverageTarget, k=c(1,10,20))

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