sampleRI(TargetSearch)
sampleRI()所属R语言包：TargetSearch
Sample especific RI detection
样品especific国际扶轮检测
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Return a matrix of the sample specific RIs based on the correlating selective masses.
返回矩阵基于关联选择性群众的一个样品的具体注册机构。
用法----------Usage----------
sampleRI(samples, Lib, r_thres = 0.95,
columns = c("SPECTRUM", "RETENTION_TIME_INDEX", "RETENTION_TIME"),
method = "dayNorm", minPairObs = 5, showProgressBar = FALSE,
makeReport = FALSE, pdfFile = "medianLibRep.pdf")
参数----------Arguments----------
参数：samples
A tsSample object created by ImportSamples function.
一个tsSampleImportSamples函数创建的对象。
参数：Lib
A tsLib object created by ImportLibrary function with corrected RI values. See medianRILib.
一个tsLibImportLibrary纠正RI值的函数创建的对象。看到medianRILib。
参数：r_thres
A correlation threshold.
一个相关的阈值。
参数：columns
A numeric vector with the positions of the columns SPECTRUM, RETENTION_TIME_INDEX, and RETENTION_TIME or a character vector with the header names of those columns.
一个数值向量与列的位置SPECTRUM，RETENTION_TIME_INDEX，RETENTION_TIME或与这些列头名的字符向量。
参数：method
Normalisation method. Options are "dayNorm", a day based median normalisation, "medianNorm", normalisation using the median of all the intensities of a given mass, and "none", no normalisation at all.
标准化的方法。选项是"dayNorm"，一天的中位数标准化，"medianNorm"，标准化的使用给定质量的所有强度的中位数，和"none"，都没有标准化。
参数：minPairObs
Minimum number of pair observations. Correlations between two variables are computed using all complete pairs of observations in those variables. If the number of observations is too small, you may get high correlations values just by chance, so this parameters is used to avoid that. Cannot be set lower than 5.
对观测的最低数量。使用这些变量的完整的观测对两个变量之间的相关性计算。如果观测的数量太小了，你可以得到高的相关性只是偶然的值，所以此参数用来避免。不能低于5。
参数：showProgressBar
Logical. Should the progress bar be displayed?
逻辑。应该显示进度条？
参数：makeReport
Logical. If TRUE will report the RI deviations for every metabolite in the library.
逻辑。如果TRUE报告库中每代谢产物的RI偏差。
参数：pdfFile
The file name where the report will be saved.
报告将被保存的文件名。
值----------Value----------
A matrix of correlating selective masses RI. Columns represent samples and rows the median RI of the selective masses.
一个相关的RI选择性群众的矩阵。列代表样本和行选择性人民群众的中位数的RI。
作者（S）----------Author(s)----------
Alvaro Cuadros-Inostroza, Matthew Hannah, Henning Redestig
参见----------See Also----------
ImportSamples, ImportLibrary, medianRILib, tsLib, tsSample
ImportSamples，ImportLibrary，medianRILib，tsLib，tsSample
举例----------Examples----------
require(TargetSearchData)
data(TargetSearchData)
# get RI file path[获得国际扶轮文件路径]
RI.path <- file.path(.find.package("TargetSearchData"), "gc-ms-data")
# update RI file path[更新注册机文件路径]
RIpath(sampleDescription) <- RI.path
# Import Library[导入库]
refLibrary <- ImportLibrary(file.path(RI.path,'library.txt'))
# get the sample RI[得到样品RI]
corRI <- sampleRI(sampleDescription, refLibrary, r_thres = 0.95)
# same as above, but changing the correlation threshold and the minimum number[与上述相同，但改变的相关性阈值和最低数量]
# of observations[观察]
corRI <- sampleRI(sampleDescription, refLibrary, r_thres = 0.9,
minPairObs = 10)
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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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发表于 2012-2-26 15:24:29
