R语言 TargetSearch包 plotSpectra()函数中文帮助文档(中英文对照)

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plotSpectra(TargetSearch)
plotSpectra()所属R语言包：TargetSearch

                                         Plot a Spectra Comparison
                                         绘制光谱比较

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

plotSpectra plots a contrast between the reference spectra and the median spectra of a given metabolite in the library. plotAllRIdev saves the plots of the median-reference spectra comparisons of all the metabolites in the reference library into a PDF file.
plotSpectra图参考光谱和光谱库中的一个给定的代谢产物中位数之间的对比。 plotAllRIdev保存成一个PDF文件中的参考图书馆的所有代谢产物的中位数参考光谱比较图。


用法----------Usage----------


plotSpectra(Lib, peaks, libId = 1, type = "ht")

plotAllSpectra(Lib, peaks, type = "ht", pdfFile, width = 8, height = 8, ...)



参数----------Arguments----------

参数：Lib
A tsLib object created by ImportLibrary function.  
一个tsLibImportLibrary函数创建的对象。


参数：peaks
A tsMSdata object. See peakFind.
一个tsMSdata对象。看到peakFind。


参数：libId
A numeric vector providing the indices of the metabolites to plot.  
提供一个数值向量指数积的代谢物。


参数：type
The type of the plot. Options are "ht", head-tail plot, "ss", side by side plot, and "diff", spectrum difference plot.  
该图的类型。选项是"ht"，头部，尾部图，"ss"，方积方，"diff"，频谱差异图。


参数：pdfFile
A file name where the plot will be saved. Only plotAllRIdev.  
图将被保存的文件名。只有plotAllRIdev。


参数：width, height
The width and height of the plots in inches. Only plotAllRIdev.  
英寸的宽度和高度的图。只有plotAllRIdev。


参数：...
Further options passed to pdf.  
进一步的选项，通过pdf。


Details

详情----------Details----------

The median spectra is obtained by computing the median intensity of every ion across the samples. The median and the reference spectra values are scaled to vary between 0 and 999 in order to make them comparable.
中位数光谱获得通过计算平均每跨样本的离子强度。中位数和参考光谱值被调整为0和999之间变化，以使他们可比。


作者（S）----------Author(s)----------


Alvaro Cuadros-Inostroza, Matthew Hannah, Henning Redestig



参见----------See Also----------

tsLib, tsMSdata,pdf
tsLib，tsMSdata，pdf


举例----------Examples----------


require(TargetSearchData)
data(TargetSearchData)

# get RI file path[获得国际扶轮文件路径]
RI.path <- file.path(.find.package("TargetSearchData"), "gc-ms-data")
# update RI file path[更新注册机文件路径]
RIpath(sampleDescription) <- RI.path

peakData <- peakFind(sampleDescription, refLibrary, corRI)

# Plot a comparison RI deviation of metabolite "Valine"[绘制的代谢产物“缬氨酸”比较国际扶轮偏差]
grep("Valine", libName(refLibrary)) # answer: 3[答案：3]
plotSpectra(refLibrary, peakData, libId = 3, type = "ht")

# Plot the spectra "side by side"[绘制谱“并排”]
plotSpectra(refLibrary, peakData, libId = 3, type = "ss")

# Plot the spectra difference[绘制的光谱差异]
plotSpectra(refLibrary, peakData, libId = 3, type = "diff")

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