R语言 TargetSearch包 medianRILib()函数中文帮助文档(中英文对照)

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medianRILib(TargetSearch)
medianRILib()所属R语言包：TargetSearch

                                         Median RI library correction
                                         中位数的国际扶轮库校正

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Return a tsLib object with the median RI of the selective masses across samples.
返回跨样本的选择性群众中位数的RItsLib对象。


用法----------Usage----------


medianRILib(samples, Lib, makeReport = FALSE, pdfFile = "medianLibRep.pdf",
        columns = c("SPECTRUM", "RETENTION_TIME_INDEX", "RETENTION_TIME"),
    showProgressBar = FALSE)



参数----------Arguments----------

参数：samples
A tsSample object created by ImportSamples function.  
一个tsSampleImportSamples函数创建的对象。


参数：Lib
A tsLib object created by ImportLibrary function.  
一个tsLibImportLibrary函数创建的对象。


参数：makeReport
Logical. If TRUE will report the RI deviations for every metabolite in the library.  
逻辑。如果TRUE报告库中每代谢产物的RI偏差。


参数：pdfFile
The file name where the report will be saved.  
报告将被保存的文件名。


参数：columns
A numeric vector with the positions of the columns SPECTRUM, RETENTION_TIME_INDEX, and RETENTION_TIME or a character vector with the header names of those columns.
一个数值向量与列的位置SPECTRUM，RETENTION_TIME_INDEX，RETENTION_TIME或与这些列头名的字符向量。


参数：showProgressBar
Logical. Should the progress bar be displayed?
逻辑。应该显示进度条？


值----------Value----------

A tsLib object. It will update the slot med_RI which contains the median RI of every        searched metabolite.
一个tsLib对象。这将更新插槽med_RI其中包含的每一个搜索的代谢产物中位数的国际扶轮的。


作者（S）----------Author(s)----------


Alvaro Cuadros-Inostroza, Matthew Hannah, Henning Redestig



参见----------See Also----------

ImportSamples, ImportLibrary, tsLib-class
ImportSamples，ImportLibrary，tsLib-class


举例----------Examples----------


require(TargetSearchData)
data(TargetSearchData)

# get RI file path[获得国际扶轮文件路径]
RI.path <- file.path(.find.package("TargetSearchData"), "gc-ms-data")
# update RI file path[更新注册机文件路径]
RIpath(sampleDescription) <- RI.path
# Import Library[导入库]
refLibrary        <- ImportLibrary(file.path(RI.path,'library.txt'))
# update median RI[更新中位数的RI]
refLibrary        <- medianRILib(sampleDescription, refLibrary)

# perhaps you need to adjust the library RI of one metabolite and the allowed time[也许你需要调整的一个代谢产物库RI和允许的时间]
# deviation (first time deviation window)[偏差（首次偏差窗口）]
libRI(refLibrary)[5] <- 306500
RIdev(refLibrary)[5,1] <- 2000

refLibrary        <- medianRILib(sampleDescription, refLibrary)


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