R语言 TargetSearch包 FindPeaks()函数中文帮助文档(中英文对照)

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FindPeaks(TargetSearch)
FindPeaks()所属R语言包：TargetSearch

                                         Extract peaks from chromatogram files
                                         从色谱文件提取峰

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function extracts the maximum intensity of a list of masses in a given RI window.
此功能在一个给定的国际扶轮窗口中提取的最大强度的群众名单。


用法----------Usage----------


FindPeaks(my.files, refLib,
    columns = c("SPECTRUM", "RETENTION_TIME_INDEX", "RETENTION_TIME"),
    showProgressBar = FALSE)



参数----------Arguments----------

参数：my.files
A character vector naming files to be searched.  
要搜索的字符向量命名文件。


参数：refLib
A numeric matrix with three columns or a list of three column matrices. The second column contains the masses and the first and third column contains the RI limits.
一个具有三列或三列矩阵列表的数字矩阵。第二列包含群众，在第一和第三列包含RI限制。


参数：columns
A numeric vector with the positions of the columns SPECTRUM, RETENTION_TIME_INDEX, and RETENTION_TIME or a character vector with the header names of those columns.
一个数值向量与列的位置SPECTRUM，RETENTION_TIME_INDEX，RETENTION_TIME或与这些列头名的字符向量。


参数：showProgressBar
Logical. Should the progress bar be displayed?
逻辑。应该显示进度条？


Details

详情----------Details----------

The reference library parameter refLib can be either a single three-column matrix or a list of such matrices. If it is a list, the length must match the length of my.files. In this case, every component will be used to iteratively search in the corresponding file.
参考图书馆参数refLib可以是一个单一的三列矩阵或一个这样的矩阵列表。如果它是一个列表，长度必须符合长度my.files。在这种情况下，每一个组件将被用于反复搜索相应的文件。


值----------Value----------

A tsMSdata object.
一个tsMSdata对象。


注意----------Note----------

This is an internal function not intended to be invoked directly.
这是一个不打算直接调用内部函数。


作者（S）----------Author(s)----------


Alvaro Cuadros-Inostroza, Matthew Hannah, Henning Redestig



参见----------See Also----------

medianRILib, sampleRI,
medianRILib，sampleRI


举例----------Examples----------


require(TargetSearchData)
data(TargetSearchData)

# get RI file path[获得国际扶轮文件路径]
RI.path <- file.path(.find.package("TargetSearchData"), "gc-ms-data")
# update RI file path[更新注册机文件路径]
RIpath(sampleDescription) <- RI.path

my.files <- RIfiles(sampleDescription)
# make a three column matrix: lower RI, mass, upper RI[使三列的矩阵：较低的RI，质量，上国际扶轮]
refLib   <- refLib(refLibrary)
head(refLib)

# extract the peaks[提取峰]
peaks <- FindPeaks(my.files, refLib)
   

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