R语言 TargetSearch包 FAMEoutliers()函数中文帮助文档(中英文对照)

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FAMEoutliers(TargetSearch)
FAMEoutliers()所属R语言包：TargetSearch

                                         FAME outlier detection
                                         名誉离群点检测

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

A function to detect retention time marker (FAME) outliers.
一个函数来检测保留时间标记（FAME），离群。


用法----------Usage----------


FAMEoutliers(samples, RImatrix, pdffile = NA, startDay = NA, endDay = NA,
             threshold = 3, group.threshold = 0.05)



参数----------Arguments----------

参数：samples
A tsSample object created by ImportSamples function.  
一个tsSampleImportSamples函数创建的对象。


参数：RImatrix
A retention time matrix of the found retention time markers.  
一个发现的保留时间标记的保留时间矩阵。


参数：pdffile
A character string naming a PDF file where the FAMEs report will be saved.  
一个字符串，命名脂肪酸甲酯的报告将被保存为PDF文件。


参数：startDay
A numeric vector with the starting days of your day groups.  
与你一天的群体开始天的数字向量。


参数：endDay
A numeric vector with the ending days of your day groups.  
你一天的团体结束的日子里的一个数值向量。


参数：threshold
A standard deviations cutoff to detect outliers.  
一个标准偏差，截止到检测离群点。


参数：group.threshold
A numeric cutoff to detect day groups based on hierarchical clustering. Must be between 0..1.
一个数字截止到检测基于层次聚类的一天组。必须0..1。


Details

详情----------Details----------

If no pdffile argument is given, the report will be saved on a file called "TargetSearch-YYYY-MM-DD.FAME-report.pdf", where YYYY-MM-DD is a date.
如果没有pdffile参数，该报告将被保存在一个文件称为"TargetSearch-YYYY-MM-DD.FAME-report.pdf"YYYY-MM-DD是一个日期。

If both startDay and endDay are not given, the function will try to detect day groups using a hierarchical clustering approach by cutting the tree using group.threshold as cutoff height.
如果这两个startDay和endDay不给，该函数将尝试使用层次聚类方法检测使用截止高度group.threshold切割树一天群体。

Retention time markers that deviate more than threshold standard deviations from the    mean of their day group will be identified as outliers.
保留时间标记，偏离比threshold从他们的日常组的平均标准差更将被认定为离群。


值----------Value----------

A logical matrix of the same size of RImatrix. A TRUE value indicates that the retention time marker in that particular sample is an outlier.
一个同样大小的RImatrix逻辑矩阵。一个TRUE值表明，在特定样品的保留时间标记是一个离群。


作者（S）----------Author(s)----------


Alvaro Cuadros-Inostroza, Matthew Hannah, Henning Redestig



参见----------See Also----------

RIcorrect, ImportSamples
RIcorrect，ImportSamples


举例----------Examples----------


require(TargetSearchData)
data(TargetSearchData)

# find the retention marker outliers of the example data and save it in "outlier.pdf"[找到示例数据的保留标记离群和保存在“outlier.pdf”]
outliers <- FAMEoutliers(sampleDescription, RImatrix, pdffile = "outlier.pdf")

# find the outliers (although they are reported in the output PDF file)[找到离群值（虽然它们在输出的PDF文件报告）]
apply(outliers, 1, which)


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