R语言 sva包 ComBat()函数中文帮助文档(中英文对照)

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ComBat(sva)
ComBat()所属R语言包：sva

                                        Adjust for batch effects using empirical Bayes framework.
                                         调整一批使用经验贝叶斯框架的影响。

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

ComBat allows users to adjust for batch effects in datasets where the batch covariate is known, using methodology described in Johnson et al. 2007. It uses either parametric or non-parametric empirical Bayes frameworks for adjusting data for batch effects.  Users are returned an expression matrix that has been corrected for batch effects.
作战允许用户调整一批批次协变量是已知的，约翰逊等人描述的使用方法的数据集的影响。 2007年。它使用了一批影响调整数据参数或非参数的经验Bayes框架。返回用户已纠正一批影响表达矩阵。


用法----------Usage----------


        ComBat(dat, batch, mod, numCovs=NULL, par.prior=TRUE,prior.plots=FALSE)



参数----------Arguments----------

参数：dat
Genomic measure matrix (dimensions probe x sample) - for example, expression matrix
基因组测量矩阵（尺寸探针X样本） - 例如，矩阵表达


参数：batch
Batch covariate (multiple batches allowed)
协变量批次（允许多批次）


参数：mod
Model matrix for outcome of interest and other covariates besides batch
利息和其他变项，除了一批成果模型矩阵


参数：numCovs
(Optional) Vector containing the column numbers of the continuous covariates in the model matrix, or NULL if no continuous covariates are used
（可选）向量模型矩阵的连续变项，或NULL的列数，如果没有连续的变项


参数：par.prior
(Optional) TRUE indicates parametric adjustments will be used, FALSE indicates non-parametric adjustments will be used
（可选）TRUE表示将使用参数的调整，FALSE表示将使用非参数的调整


参数：prior.plots
(Optional) TRUE give prior plots with black as a kernel estimate of the empirical batch effect density and red as the parametric estimate
（可选）真给用黑色作为经验批次效应密度和红色的核估计参数估计前图


Details

详情----------Details----------

ComBat can be applied to genomic measures when batch is known to remove the effect of batch on the data using an empirical Bayesian framework.  It was described in Johnson et al. 2007.
可以应用到作战使用经验贝叶斯框架上的数据删除批次的效果时，一批被称为基因组的措施。它被描述约翰逊等人。 2007年。


值----------Value----------

A probe x sample genomic measure matrix, adjusted for batch effects.
一个探针X基因组样品测量矩阵，调整一批影响。


作者（S）----------Author(s)----------


W. Evan Johnson <a href="mailto:evan@stat.byu.edu">evan@stat.byu.edu</a>



参考文献----------References----------



参见----------See Also----------

sva,irwsva.build,twostepsva.build, num.sv
sva，irwsva.build，twostepsva.build，num.sv


举例----------Examples----------


  ## Not run: [＃无法运行：]

  ## Load data[＃将数据]
  library(bladderbatch)
  data(bladderdata)
  
  ## Obtain phenotypic data[＃获取表型数据。]
  pheno = pData(bladderEset)
  edata = exprs(bladderEset)
  batch = pheno$batch
  mod = model.matrix(~as.factor(cancer), data=pheno)
  
  ## Correct for batch using ComBat[＃正确的使用战斗一批的]
  combat_edata = ComBat(dat=edata, batch=batch, mod=mod, numCovs=NULL, par.prior=TRUE, prior.plots=FALSE)


## End(Not run)[＃结束（不运行）]

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