upp7g(survcomp)
upp7g()所属R语言包：survcomp
Subset of UPP dataset containing gene expression, annotations and clinical data.
UPP的含基因的表达，注释和临床数据集的子集。
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
This dataset contains a subset of the gene expression, annotations and clinical data from the UPP datasets (see section details). The subset contains the seven genes introduced by Desmedt et al. 2008
该数据集包含的基因表达，注释和UPP的数据集（见部分详细介绍）的临床数据的一个子集。该子集包含的七个基因引入由Desmedt等。 2008
格式----------Format----------
ExpressionSet with 7 features and 251 samples, containing:
ExpressionSet 7功能和251样品，包含：
exprs(upp7g): Matrix containing gene expressions as measured by Affymetrix hgu133a and hgu133b technology (single-channel, oligonucleotides).
exprs(upp7g)：矩阵包含由Affymetrix公司hgu133a和hgu133b科技（单声道，寡核苷酸）的基因表达。
fData(upp7g): AnnotatedDataFrame containing annotations of Affy microarray platform hgu133a and hgu133b.
fData(upp7g)：AnnotatedDataFrame的Affy芯片平台hgu133a和hgu133b包含的注解。
pData(upp7g): AnnotatedDataFrame containing Clinical information of the breast cancer patients whose tumors were hybridized.
pData(upp7g)：AnnotatedDataFrame包含的杂交瘤，乳腺癌患者的临床资料。
experimentalData(upp7g): MIAME object containing information about the dataset.
experimentalData(upp7g)：，MIAME对象，其中包含有关数据集的信息。
annotation(upp7g): Name of the affy chip.
annotation(upp7g)：的affy芯片的名称。
Details
详情----------Details----------
This dataset represents a subset of the study published by Miller et al. 2005. The subset contains the genes AURKA (also known as STK6, STK7, or STK15), PLAU (also known as UPA), STAT1, VEGF, CASP3, ESR1, and ERBB2, as introduced by Desmedt et al. 2008. The seven genes represent the proliferation, tumor invasion/metastasis, immune response, angiogenesis, apoptosis phenotypes, and the ER and HER2 signaling, respectively.
本集代表米勒等人发表的研究的一个子集。 2005年。该子集包含AURKA（又称STK6，STK7或STK15基因）的基因，普劳（也称为通用电力线联盟），STAT1和血管内皮生长因子，CASP3，ESR1，和ErbB2，由Desmedt等介绍。 2008年。 7个基因的增殖，肿瘤浸润/转移，免疫反应，血管新生，单元凋亡的表型，ER和HER2发信号，分别。
源----------Source----------
upp:
UPP：
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE3494
参考文献----------References----------
举例----------Examples----------
## load Biobase package[＃加载BIOBASE包。]
library(Biobase)
## load the dataset[＃加载数据集]
data(breastCancerData)
## show the first 5 columns of the expression data[＃显示表达数据的第5列]
exprs(upp7g)[ ,1:5]
## show the first 6 rows of the phenotype data[＃显示的第6行的表型数据]
head(pData(upp7g))
## show first 20 feature names[＃显示前20个功能名称]
featureNames(upp7g)
## show the experiment data summary[＃显示的实验数据汇总]
experimentData(upp7g)
## show the used platform[＃显示所使用的平台。]
annotation(upp7g)
## show the abstract for this dataset[＃显示该数据集的抽象。]
abstract(upp7g)
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发表于 2012-2-26 15:21:02
